软著

西湖欧米

2021-08-09

1. 西湖欧米蛋白质组数据注释的分析软件

2021/4/28

西湖欧米蛋白质组数据分析之Annotations软件(PE.Annotation)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来根据蛋白质列表来输出蛋白质之间的通路关系,为对编程知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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2. 西湖欧米基于蛋白质组数据之药物靶点筛查软件

2021/8/9

西湖欧米基于蛋白质组数据之药物靶点筛查软件(Omics SFD)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来筛查美国食品和药物管理局(FDA)认证的蛋白药物靶点。本软件能够自动爬取FDA认证的药物靶点公开数据库并将相关信息下载到本地,通过用户提供的基因或蛋白名比对数据库,直接导出比对后的结果,即可在几分钟内得到比对结果,无须再逐一的上公开数据库中查找,大大提高了效率,也为对编程或统计知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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3. 西湖欧米宏蛋白组建库fasta快速拆分合并软件

2021/2/24

宏蛋白组数据分析往往由于构建的数据库过大,会增加错误率,同时会获取海量的谱图及使用巨大的数据库,导致数据分析时间漫长,本方法采用fasta分割批量并行处理手段搜库,大幅度缩短搜库时间,为宏蛋白组数据分析高效分析提供便利。

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4. 西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Remove batch effect软件

2021/7/12

西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Remove batch effect软件(PE_BEC)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来根据项目设置的建模实验条件,采用基于Combat方法改进的Combat Pro及remove batch effect,同时在用户提供样本信息表的情况下,对蛋白矩阵数据进行批次效应消除,即可在几分钟内得到批次效应消除过后的蛋白矩阵,提高了对蛋白矩阵进行数据预处理的效率,也为对编程或统计知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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5. 西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Data Preprocessing软件 

2021/7/14

西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Data Preprocessing软件(PE_PD)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来根据项目设置的建模实验条件,采用数据预处理对蛋白矩阵数据进行转换,例如对数变换、缺失值处理、标准化等。用户仅需提供蛋白矩阵表,设定好需要进行处理的选项以及对应方法,即可在几分钟内得到预处理过后的蛋白矩阵,同时在用户提供样本信息表的情况下,还可以对生物重复和技术重复的样本进行数据处理,并且提供了消除批次效应的功能。

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6. 西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Quality Control软件

2021/7/14

西湖欧米基于蛋白质组数据分析之Quality Control软件(PE_QC)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来根据蛋白矩阵分析数据的缺失值及分布,并对样本之间的相关性(皮尔森)进行分析来显示出蛋白质矩阵数据的质量,同时在用户提供样本信息表的情况下,还可以选择你感兴趣的列名(属性),它将根据每个蛋白质的非缺失比率来计算蛋白质层次的数量。提高了每次对蛋白矩阵进行QC的效率,也为对编程或统计知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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7. 西湖欧米蛋白质组肽段数据矩阵翻译软件  

2021/5/19

Peptoprot是一款专门用于将肽段数据通过算法转换翻译为蛋白矩阵的自动化处理的程序。Peptoprot通过质谱原理和算法将鉴定到的多个肽段数据计算成蛋白质的定量结果。用户只需提供肽段的定量数据,程序会自动计算成蛋白矩阵并导出结果。

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8. 基于TMT(Tandem Mass Tag)技术的蛋白质组数据分析软件

 2021/3/25

基于TMT(Tandem Mass Tag)技术的蛋白质组数据分析流程(TMT expert)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来处理和分析由TMT(tandem mass tags)定量蛋白技术鉴定到的蛋白矩阵数据,可以根据用户的分析需求实现自动化数据处理、数据质控(QC)、相关性分析、聚类分析、PCA分析和差异蛋白组学分析等目的。用户仅需提供TMT蛋白鉴定数据和样本信息表,即可在几分钟内得到定量蛋白组学数据的常规统计分析结果,大大提高了TMT蛋白矩阵数据的分析效率,也为对编程或统计知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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9. 西湖欧米蛋白质组数据样本batch设计的软件  

2021/5/19

西湖欧米蛋白质组数据样本batch设计的软件(PE_BD)是基于R语言开发的一套自动化程序,主要用来将样本分配到平衡的组中,以减少技术偏差,例如仪器偏差,用于大队列研究,可以根据用户的分析需求实现自动化batch design。用户仅需提供样本信息表,设定好需要考虑的因素与权重以及每批的样本数量,即可在几分钟内得到每个样本的批次结果,大大降低了每个批次的因为不同因素带来的偏差,也为对编程或统计知识不太了解的实验技术人员或研究人员提供了极大的方便。

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10. 西湖欧米基于PulseDIA技术的搜库结果预处理

2021/4/28

PulseDIA expert是一款专门用于DIA-NN, Spectronaut和OpenSWATH这三种流行的搜库软件对pulseDIA质谱数据的搜库结果进行自动化处理的程序。对于pulseDIA质谱数据的搜库,一般分不同part分别进行搜库,最后再将同一样本的不同part的定量结果整合在一起。用户仅需提供各个搜库软件直接导出的蛋白鉴定信息表,设置想要的参数,即可快速得到不同part的定量整合结果。

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