1 (EUR HEART J) 不确定潜力的克隆性造血与冠状动脉疾病患者的死亡率相关
2 (CANCER DISCOV) 定义临床阶段化合物作为核孔复合体选择性降解剂的抗肿瘤作用机制
3 (ADV MATER) 基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移
4 (ADV MATER) 一种通过重塑天然凝血网络实现止血-再生转变的形状恢复聚阳离子纤维蛋白
5 (J EXTRACELL VESICLES) 真正植物胞外囊泡的可靠参考标记物汇编及其系统发育保守性
6 (BIOMATERIALS) FN1靶向递送低分子量肝素至静脉血栓彻底改变了CVT中的血栓治疗
7 (ALLERGY) NSAID加重的呼吸道疾病中的组学：来自上下呼吸道的当前证据
8 (GIGASCIENCE) 开放儿科癌症项目
一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！
1. (European Heart Journal, IF: 37.6) 不确定潜力的克隆性造血与冠状动脉疾病患者的死亡率相关
2025年9月3日，European Heart Journal发表了一项由慕尼黑工业大学德国心脏中心等机构合作完成的研究。该研究深入探讨了不确定潜力的克隆性造血（CHIP）与冠状动脉疾病（CAD）患者死亡率之间的关联。研究团队对8612名CAD患者进行了基因测序，发现CHIP携带者在3年内的全因死亡率显著增加。
通过高灵敏度蛋白质组学等多组学技术，研究揭示了CHIP的潜在机制。特别是TET2突变，它通过上调脂质代谢和炎症通路，使巨噬细胞对脂质的摄取增加，导致斑块坏死核心增大，稳定性降低。这项研究首次将CHIP确定为CAD患者死亡率的独立预测因子，并从分子层面阐明了其促动脉粥样硬化的作用机制，为CHIP相关心血管风险的早期筛查和干预提供了重要依据。
结构化图文摘要
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40900105/
2. (Cancer Discovery, IF: 29.7) 定义临床阶段化合物作为核孔复合体选择性降解剂的抗肿瘤作用机制
2025年9月2日，Cancer Discovery发表了一项由斯坦福大学医学院等机构合作完成的研究。该研究利用大规模癌症细胞系表型谱分析、功能基因组筛选和质谱蛋白质组学，系统性地发现了临床阶段药物 PRLX-93936 及其独特的抗肿瘤机制。
研究发现，PRLX-93936是一种分子胶，能够特异性结合并重新编程TRIM21泛素连接酶，使其招募并泛素化核孔复合体，最终导致其降解。这一过程阻碍了细胞核运输，导致短寿命胞质mRNA转录本丢失，并诱导癌细胞凋亡。经过优化的化合物在胰腺癌异种移植瘤和患者来源的类器官模型中显示出显著疗效。这项发现为开发靶向核孔复合体的新型抗癌药物提供了重要的分子基础。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891634/
3. (Advanced Materials, IF: 27.4) 基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移
2025年9月4日，Advanced Materials发表了一项由苏州大学功能纳米与软物质研究院等机构合作完成的研究。为了解决肺转移的治疗难题，研究团队开发了一种名为BMVax的吸入式纳米疫苗，该疫苗利用工程大肠杆菌产生的细菌膜囊泡，并通过蛋白质组学技术鉴定了关键的免疫刺激蛋白。
研究发现，吸入式BMVax能够高效地将抗原共递送至肺部，在气管支气管淋巴结引发强烈的免疫反应，显著促进生发中心B细胞、滤泡辅助T细胞和成熟树突状细胞的生成。在小鼠肺转移模型中，该疫苗实现了83.3%的完全预防，并增强了肺组织中肿瘤浸润T细胞的细胞毒性和增殖能力，显示出优于皮下给药的肿瘤抑制效果。这项研究为开发有效对抗肺部转移性恶性肿瘤的吸入式癌症疫苗提供了新策略。
基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移的示意图
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40904209/
4. (Advanced Materials, IF: 27.4) 一种通过重塑天然凝血网络实现止血-再生转变的形状恢复聚阳离子纤维蛋白
2025年9月1日，Advanced Materials发表了一项由四川大学国家生物材料工程技术研究中心等机构合作完成的研究。该研究受天然凝血网络中纤维蛋白（Fn）形成机制的启发，设计了一种人工聚阳离子纤维蛋白（pCSF/beta），能够实现快速止血并同步促进组织再生。
蛋白质组学和转录组学分析揭示了pCSF/beta通过促进血小板内容物释放并激活PI3K/Akt信号通路，有效地将止血过程与随后的组织再生连接起来。在动物模型（包括小型猪）中，该材料在不可压缩性止血、大面积皮肤修复和穿透性肝脏再生方面均优于现有的临床产品。这项研究为开发快速止血和组织再生的新型生物材料提供了新见解。
pCSF的计算机辅助合成及其组装机制。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891116/
5. (Journal of Extracellular Vesicles, IF: 15.5) 真正植物胞外囊泡的可靠参考标记物汇编及其系统发育保守性
2025年9月，Journal of Extracellular Vesicles发表了一项由马德里自治大学医学院等机构合作完成的研究。该研究为植物胞外囊泡（PEVs）标记物的标准化奠定了基础。研究团队对两种参考植物的细胞间隙洗涤液进行了迄今最深入的蛋白质组学分析，并计算了潜在标记物在PEVs中的富集度。
通过综合分析所有已发表的PEV蛋白质组学数据，研究鉴定并验证了多个具有潜力的PEV标记物家族，包括水通道蛋白、液泡型ATP酶复合物亚基等。此外，研究还评估了这些标记物在不同植物分类群中的保守性，并与动物EVs的常用标记物进行了比较，发现水通道蛋白和液泡型ATP酶亚基在动植物界中高度保守，而FLAs和germin样蛋白则是植物特异性的。这项工作为PEVs的准确鉴定和未来研究的标准化提供了关键参考。
用于蛋白质组学分析的质外体洗涤液收集、植物胞外囊泡分离及样品制备的工作流程
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40903814/
6. (Biomaterials, IF: 12.8) FN1靶向递送低分子量肝素至静脉血栓彻底改变了CVT中的血栓治疗
2025年8月28日，Biomaterials发表了一项由首都医科大学北京脑疾病研究所等机构合作完成的研究。该研究采用蛋白质组学技术，鉴定出纤维连接蛋白（FN1）作为脑静脉血栓形成（CVT）患者血栓中特异性高表达的靶点。
基于这一发现，研究团队设计并制备了负载低分子量肝素（LMWH）并修饰有FN1靶向肽CREKA的纳米颗粒（CREKA-LMWH NPs）。体内外实验结果证实，CREKA-LMWH NPs能够显著增加LMWH在血栓部位的浓度，从而增强其预防和治疗血栓扩展的效果，且未增加毒副作用。这项研究通过蛋白质组学的精准选择策略，为CVT的个性化治疗提供了新的可能性。
CVT患者血浆及血栓的全局蛋白质组学分析
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40907398/
7. (Allergy, IF: 12.6) NSAID加重的呼吸道疾病中的组学：来自上下呼吸道的当前证据
2025年9月4日，Allergy发表了一篇由梅奥诊所过敏性疾病科等机构合作的综述。该综述系统总结了非甾体抗炎药（NSAID）加重的呼吸道疾病（N-ERD）的组学研究，包括转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学。
文章指出，尽管组学方法为N-ERD提供了新的分子见解，但由于研究设计和方法的异质性，跨研究的比较受到限制。作者强调未来需要进行集成多组学分析和标准化研究框架，以更全面地表征该疾病，并识别出可靠的生物标志物和治疗靶点。
本文综述的N-ERD研究中组学技术分支及其定义与代表性分子靶点
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40908647/
8. (GigaScience, IF: 11.8) 开放儿科癌症项目
2025年1月6日，GigaScience发表了一项由费城儿童医院等机构合作完成的研究。该研究介绍了开放儿科癌症（OpenPedCan）项目，这是一个包含6112名儿科癌症患者的协调开源多组学数据集。
OpenPedCan整合了全基因组测序、全外显子测序、RNA测序等多种基因组数据，并纳入了来自Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium的全细胞蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据。该项目还开发了一系列可重现的分析工作流程，处理后的数据公开可下载。OpenPedCan的数据和分析框架为全球研究人员提供了一个宝贵的资源，有助于加速儿科癌症的发现、验证和临床转化。
OpenPedCan分析流程
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891528/
1 (EUR HEART J) 不确定潜力的克隆性造血与冠状动脉疾病患者的死亡率相关
2 (CANCER DISCOV) 定义临床阶段化合物作为核孔复合体选择性降解剂的抗肿瘤作用机制
3 (ADV MATER) 基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移
4 (ADV MATER) 一种通过重塑天然凝血网络实现止血-再生转变的形状恢复聚阳离子纤维蛋白
5 (J EXTRACELL VESICLES) 真正植物胞外囊泡的可靠参考标记物汇编及其系统发育保守性
6 (BIOMATERIALS) FN1靶向递送低分子量肝素至静脉血栓彻底改变了CVT中的血栓治疗
7 (ALLERGY) NSAID加重的呼吸道疾病中的组学：来自上下呼吸道的当前证据
8 (GIGASCIENCE) 开放儿科癌症项目
一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！
1. (European Heart Journal, IF: 37.6) 不确定潜力的克隆性造血与冠状动脉疾病患者的死亡率相关
2025年9月3日，European Heart Journal发表了一项由慕尼黑工业大学德国心脏中心等机构合作完成的研究。该研究深入探讨了不确定潜力的克隆性造血（CHIP）与冠状动脉疾病（CAD）患者死亡率之间的关联。研究团队对8612名CAD患者进行了基因测序，发现CHIP携带者在3年内的全因死亡率显著增加。
通过高灵敏度蛋白质组学等多组学技术，研究揭示了CHIP的潜在机制。特别是TET2突变，它通过上调脂质代谢和炎症通路，使巨噬细胞对脂质的摄取增加，导致斑块坏死核心增大，稳定性降低。这项研究首次将CHIP确定为CAD患者死亡率的独立预测因子，并从分子层面阐明了其促动脉粥样硬化的作用机制，为CHIP相关心血管风险的早期筛查和干预提供了重要依据。
结构化图文摘要
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40900105/
2. (Cancer Discovery, IF: 29.7) 定义临床阶段化合物作为核孔复合体选择性降解剂的抗肿瘤作用机制
2025年9月2日，Cancer Discovery发表了一项由斯坦福大学医学院等机构合作完成的研究。该研究利用大规模癌症细胞系表型谱分析、功能基因组筛选和质谱蛋白质组学，系统性地发现了临床阶段药物 PRLX-93936 及其独特的抗肿瘤机制。
研究发现，PRLX-93936是一种分子胶，能够特异性结合并重新编程TRIM21泛素连接酶，使其招募并泛素化核孔复合体，最终导致其降解。这一过程阻碍了细胞核运输，导致短寿命胞质mRNA转录本丢失，并诱导癌细胞凋亡。经过优化的化合物在胰腺癌异种移植瘤和患者来源的类器官模型中显示出显著疗效。这项发现为开发靶向核孔复合体的新型抗癌药物提供了重要的分子基础。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891634/
3. (Advanced Materials, IF: 27.4) 基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移
2025年9月4日，Advanced Materials发表了一项由苏州大学功能纳米与软物质研究院等机构合作完成的研究。为了解决肺转移的治疗难题，研究团队开发了一种名为BMVax的吸入式纳米疫苗，该疫苗利用工程大肠杆菌产生的细菌膜囊泡，并通过蛋白质组学技术鉴定了关键的免疫刺激蛋白。
研究发现，吸入式BMVax能够高效地将抗原共递送至肺部，在气管支气管淋巴结引发强烈的免疫反应，显著促进生发中心B细胞、滤泡辅助T细胞和成熟树突状细胞的生成。在小鼠肺转移模型中，该疫苗实现了83.3%的完全预防，并增强了肺组织中肿瘤浸润T细胞的细胞毒性和增殖能力，显示出优于皮下给药的肿瘤抑制效果。这项研究为开发有效对抗肺部转移性恶性肿瘤的吸入式癌症疫苗提供了新策略。
基于生物工程细菌衍生膜囊泡的吸入式纳米疫苗对抗肺转移的示意图
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40904209/
4. (Advanced Materials, IF: 27.4) 一种通过重塑天然凝血网络实现止血-再生转变的形状恢复聚阳离子纤维蛋白
2025年9月1日，Advanced Materials发表了一项由四川大学国家生物材料工程技术研究中心等机构合作完成的研究。该研究受天然凝血网络中纤维蛋白（Fn）形成机制的启发，设计了一种人工聚阳离子纤维蛋白（pCSF/beta），能够实现快速止血并同步促进组织再生。
蛋白质组学和转录组学分析揭示了pCSF/beta通过促进血小板内容物释放并激活PI3K/Akt信号通路，有效地将止血过程与随后的组织再生连接起来。在动物模型（包括小型猪）中，该材料在不可压缩性止血、大面积皮肤修复和穿透性肝脏再生方面均优于现有的临床产品。这项研究为开发快速止血和组织再生的新型生物材料提供了新见解。
pCSF的计算机辅助合成及其组装机制。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891116/
5. (Journal of Extracellular Vesicles, IF: 15.5) 真正植物胞外囊泡的可靠参考标记物汇编及其系统发育保守性
2025年9月，Journal of Extracellular Vesicles发表了一项由马德里自治大学医学院等机构合作完成的研究。该研究为植物胞外囊泡（PEVs）标记物的标准化奠定了基础。研究团队对两种参考植物的细胞间隙洗涤液进行了迄今最深入的蛋白质组学分析，并计算了潜在标记物在PEVs中的富集度。
通过综合分析所有已发表的PEV蛋白质组学数据，研究鉴定并验证了多个具有潜力的PEV标记物家族，包括水通道蛋白、液泡型ATP酶复合物亚基等。此外，研究还评估了这些标记物在不同植物分类群中的保守性，并与动物EVs的常用标记物进行了比较，发现水通道蛋白和液泡型ATP酶亚基在动植物界中高度保守，而FLAs和germin样蛋白则是植物特异性的。这项工作为PEVs的准确鉴定和未来研究的标准化提供了关键参考。
用于蛋白质组学分析的质外体洗涤液收集、植物胞外囊泡分离及样品制备的工作流程
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40903814/
6. (Biomaterials, IF: 12.8) FN1靶向递送低分子量肝素至静脉血栓彻底改变了CVT中的血栓治疗
2025年8月28日，Biomaterials发表了一项由首都医科大学北京脑疾病研究所等机构合作完成的研究。该研究采用蛋白质组学技术，鉴定出纤维连接蛋白（FN1）作为脑静脉血栓形成（CVT）患者血栓中特异性高表达的靶点。
基于这一发现，研究团队设计并制备了负载低分子量肝素（LMWH）并修饰有FN1靶向肽CREKA的纳米颗粒（CREKA-LMWH NPs）。体内外实验结果证实，CREKA-LMWH NPs能够显著增加LMWH在血栓部位的浓度，从而增强其预防和治疗血栓扩展的效果，且未增加毒副作用。这项研究通过蛋白质组学的精准选择策略，为CVT的个性化治疗提供了新的可能性。
CVT患者血浆及血栓的全局蛋白质组学分析
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40907398/
7. (Allergy, IF: 12.6) NSAID加重的呼吸道疾病中的组学：来自上下呼吸道的当前证据
2025年9月4日，Allergy发表了一篇由梅奥诊所过敏性疾病科等机构合作的综述。该综述系统总结了非甾体抗炎药（NSAID）加重的呼吸道疾病（N-ERD）的组学研究，包括转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学。
文章指出，尽管组学方法为N-ERD提供了新的分子见解，但由于研究设计和方法的异质性，跨研究的比较受到限制。作者强调未来需要进行集成多组学分析和标准化研究框架，以更全面地表征该疾病，并识别出可靠的生物标志物和治疗靶点。
本文综述的N-ERD研究中组学技术分支及其定义与代表性分子靶点
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40908647/
8. (GigaScience, IF: 11.8) 开放儿科癌症项目
2025年1月6日，GigaScience发表了一项由费城儿童医院等机构合作完成的研究。该研究介绍了开放儿科癌症（OpenPedCan）项目，这是一个包含6112名儿科癌症患者的协调开源多组学数据集。
OpenPedCan整合了全基因组测序、全外显子测序、RNA测序等多种基因组数据，并纳入了来自Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium的全细胞蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据。该项目还开发了一系列可重现的分析工作流程，处理后的数据公开可下载。OpenPedCan的数据和分析框架为全球研究人员提供了一个宝贵的资源，有助于加速儿科癌症的发现、验证和临床转化。
OpenPedCan分析流程
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40891528/
