过去几周,蛋白组学领域有哪些新发现?|Proteomics Snapshot 054

阅读量 :71
文献目录

 01  (SCIENCE) 一种含有所有TAG密码子作为吡咯赖氨酸的古菌遗传密码

 02  (NUCLEIC ACIDS RESEARCH大规模解析组织核酸结合蛋白质组:整合亲和层析与基于数据非依赖采集的蛋白质组学

 03  (NUCLEIC ACIDS RESEARCH) 使用ProteomicsDB绘制药物机制图:统一的组学和细胞敏感性数据大规模整合

 04  (MOL NEURODEGENER) 高灵敏度血浆蛋白质组学揭示大型混合痴呆队列中阿尔茨海默病表型的疾病特异性特征和预测生物标志物

 05  (NAT COMMUN) 高分辨率蛋白质组学揭示疟疾感染蚊子唾液腺破坏及唾液-血淋巴蛋白交换

 06  (NAT COMMUN) 通过共价蛋白绘图在体内识别囊性纤维化变异体的构象空间和缺陷

 07  (J AM CHEM SOC通过pH调控甲基乙二醛反应解码精氨酸二甲基化异构体:功能蛋白质组学的化学方法

 08  (TRENDS CANCER) 通过可解释的空间多组学追踪癌症进展

一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧!

1. (SCIENCE,IF:44.7) 一种含有所有TAG密码子作为吡咯赖氨酸的古菌遗传密码

2025年11月20日,来自加州大学伯克利分校创新基因组学研究所的研究团队发表了一项关于古菌遗传密码的开创性研究。该研究通过蛋白质组学确认,某些古菌在TAG密码子处可以一致地掺入吡咯赖氨酸(Pyl),这一发现为古菌的遗传密码的替代性提供了有力证据。这项研究提出了“Pyl代码”这一概念,Pyl作为一种替代氨基酸参与编码蛋白质的过程,这与细菌的单系遗传密码分布不同,表明Pyl代码在多个谱系中是独立产生的。

研究进一步发现,Pyl代码在古菌中的应用非常零星,且在超过1800种古菌蛋白中,Pyl的使用数量显著增加了两个数量级。这一发现突破了传统遗传密码的理解,也揭示了Pyl作为一个功能性氨基酸在古菌中的重要作用。此外,研究还指出,五种Pyl转移RNA(tRNA)和吡咯赖氨酰-tRNA合成酶的结合可以在大肠杆菌中引入Pyl类似物,为基因组学和蛋白质合成的研究提供了新的方法和技术。

在古菌中发现新的遗传密码

原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41264687/

2. (NUCLEIC ACIDS RESEARCH,IF:16.6) 大规模解析组织核酸结合蛋白质组:整合亲和层析与基于数据非依赖采集的蛋白质组学

2025年11月13日,上海交通大学生命科学技术学院和加州大学洛杉矶分校联合发表了一项关于核酸结合蛋白质组(NABPome)的研究。研究人员开发了一种名为NABP-DIA的新方法,将亲和层析与基于数据非依赖采集(DIA)蛋白质组学结合,实现了NABPome的全面解析。通过这一方法,研究人员成功地鉴定了大量的NABP,显著提高了在结肠炎模型中小鼠脾脏和胸腺的NABP鉴定数量,并发现结肠炎组小鼠脾脏中与组蛋白甲基化相关的蛋白显著升高。
研究进一步揭示了表观遗传调控在结肠炎中的潜在治疗作用。研究者指出,抑制H3K27me3组蛋白甲基化能够减少炎症因子的释放,表明表观遗传调控可能为治疗结肠炎提供新的途径。此研究不仅为NABPome的动态变化提供了新的视角,也为炎症性肠病及其他免疫相关疾病的诊断和治疗开辟了新的方向。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41261858/

3. (NUCLEIC ACIDS RES,IF:16.6) 使用ProteomicsDB绘制药物机制图:统一的组学和细胞敏感性数据大规模整合

2025年11月17日,慕尼黑工业大学的团队在《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》期刊上发布了对ProteomicsDB平台的重大更新。这次更新将超过1300个蛋白质组和1000个转录组数据,以及来自1500多个癌细胞系的表型细胞敏感性数据进行整合,并通过协调细胞系和药物的名称,改进了跨研究之间的一致性分析。这一更新使得研究人员可以更精确地分析药物作用的机制,并通过三种新的图形用户界面,帮助用户探索药物对蛋白质靶标的作用及其在不同细胞系中的变化。

通过这一平台,研究人员可以更深入地研究药物对细胞的影响,探索剂量分辨的蛋白质表达变化,为精准医学和药物再利用提供了新的支持。ProteomicsDB的更新不仅推动了药物机制研究的深入,也为癌症等重大疾病的治疗提供了更为精准的分子靶点。
图形摘要
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41243953/

4. (MOL NEURODEGENER,IF:14.9) 高灵敏度血浆蛋白质组学揭示大型混合痴呆队列中阿尔茨海默病表型的疾病特异性特征和预测生物标志物

2025年11月17日,华盛顿大学医学院精神病学系的研究团队在《MOL NEURODEGENER》期刊上发表了有关血浆蛋白质组学在神经退行性疾病中的应用的研究。通过对3,232名参与者的血浆样本进行分析,研究人员揭示了与阿尔茨海默病、路易体痴呆、帕金森病等疾病相关的特异性生物标志物,尤其是p-tau217在阿尔茨海默病中的高准确性(AUC为0.81),并且该蛋白在淀粉样蛋白阳性状态中的AUC高达0.96。

研究还分析了疾病特异性蛋白的表达模式,揭示了帕金森病和路易体痴呆的相似性,并发现了一些能够区分各类神经退行性疾病的独特标志物。这项研究不仅为阿尔茨海默病的早期诊断提供了新的生物标志物,也为其他神经退行性疾病的临床诊断和精准治疗提供了理论支持。研究展示了NULISA血浆检测平台在临床应用中的巨大潜力。
多疾病蛋白质组分析的实验流程:NULISASeq™平台的研究设计概述
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41250190/

5. (NAT COMMUN,IF:14.7) 高分辨率蛋白质组学揭示疟疾感染蚊子唾液腺破坏及唾液-血淋巴蛋白交换

2025年11月20日,美国国立过敏与传染病研究所的研究团队在《NAT COMMUN》期刊上发表了关于恶性疟原虫感染对蚊子唾液腺的影响的研究。通过高分辨率蛋白质组学分析,研究发现感染疟疾的蚊子唾液腺中多种蛋白质的表达发生了显著变化。研究表明,感染的蚊子唾液腺中富含来自血淋巴的蛋白,而唾液蛋白则从唾液腺进入循环系统。研究还发现免疫相关的蛋白质在疟疾感染蚊子的唾液中显著减少,可能是由于这些免疫蛋白与孢子体的表面相互作用或唾液腺物理性质的变化所导致。

这项研究揭示了疟疾传播过程中,疟原虫与蚊子唾液腺之间的复杂相互作用,为疟疾防控提供了新的分子机制视角。研究的结果为未来的疟疾传播研究提供了新的思路,并可能为开发新的抗疟疾疫苗或药物提供理论依据。

原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41266344/

6. (NAT COMMUN,IF:14.7) 通过共价蛋白标记在体内识别囊性纤维化变异体的构象空间和缺陷

2025年11月19日,斯克里普斯研究所的团队在《NAT COMMUN》期刊上发表了关于囊性纤维化的研究,展示了共价蛋白标记(CPP)技术在研究蛋白质结构和构象变化中的应用。研究揭示了囊性纤维化中的CFTR蛋白变异体如何在错误折叠的状态下影响其功能,即使在接受药物治疗时也未能完全恢复正常功能。通过CPP技术,研究人员识别了CFTR蛋白的未报道开放机制,并发现不同的变异体在生物发生过程中的构象变化。

该研究不仅提供了对囊性纤维化的分子机制的新理解,还提出了针对那些对药物反应差的错误折叠CFTR变异体的可能治疗策略。这项研究为未来囊性纤维化的治疗方法提供了新方向,并为蛋白质错误折叠疾病的研究奠定了基础。
CPP分析野生型(wt)和∆F508突变型CFTR。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41258017/

7. (J AM CHEM SOC,IF:14.4) 通过pH调控甲基乙二醛反应解码精氨酸二甲基化异构体:功能蛋白质组学的化学方法

2025年11月17日,中国科学院大连化学物理研究所的团队在《J AM CHEM SOC》期刊上发表了关于精氨酸二甲基化异构体的研究。这项研究提出了一种新型的化学方法,利用pH调控甲基乙二醛(MGO)反应,成功解码精氨酸的二甲基化异构体。尽管这两种异构体具有相同的化学式,但它们在生物学上表现出截然不同的效应。研究表明,通过MGO反应的pH调控特性,能够有效区分这两种异构体,并通过硼酸亲和富集技术进一步分离。
这项技术为分析精氨酸二甲基化异构体提供了一个强有力的工具,能够在复杂的细胞样品中进行高效分析,并为蛋白质功能研究提供了新方法。研究还揭示了精氨酸二甲基化对蛋白质稳定性和剪接体组装的关键作用,为后续的蛋白质调控机制研究奠定了基础。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41249876/

8. (TRENDS CANCER,IF:14.3) 通过可解释的空间多组学追踪癌症进展

2025年11月18日,赫尔辛基大学医学院的团队在《TRENDS CANCER》期刊上发布了关于卵巢癌进展的研究。研究结合了组织病理学、转录组学和蛋白质组学的空间多组学数据,揭示了低级别浆液性卵巢癌恶性转化背后的分子机制。通过集成这些多组学数据,研究人员发现了卵巢癌进展中RNA-蛋白解耦的现象,并提出了新兴的分子模式,这些模式可能为卵巢癌的精准肿瘤学研究和治疗提供指导。

研究展示了多组学整合在卵巢癌研究中的巨大潜力,尤其是通过空间背景分析癌症的恶性转化过程。该研究不仅推动了卵巢癌生物学的研究,也为精准肿瘤学的应用提供了理论支持,帮助识别新的治疗靶点和卵巢癌的早期标志物。
低级别浆液性癌(LGSC)中的时空多组学整合及未来关键挑战。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41260975/

声明:本文内容基于期刊公开信息整理,中文解读及科普文字由多个AI 助手生成,旨在帮助大众快速理解前沿研究,不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用,请以原始文献与专业人士意见为准。

文献目录

 01  (SCIENCE) 一种含有所有TAG密码子作为吡咯赖氨酸的古菌遗传密码

 02  (NUCLEIC ACIDS RESEARCH大规模解析组织核酸结合蛋白质组:整合亲和层析与基于数据非依赖采集的蛋白质组学

 03  (NUCLEIC ACIDS RESEARCH) 使用ProteomicsDB绘制药物机制图:统一的组学和细胞敏感性数据大规模整合

 04  (MOL NEURODEGENER) 高灵敏度血浆蛋白质组学揭示大型混合痴呆队列中阿尔茨海默病表型的疾病特异性特征和预测生物标志物

 05  (NAT COMMUN) 高分辨率蛋白质组学揭示疟疾感染蚊子唾液腺破坏及唾液-血淋巴蛋白交换

 06  (NAT COMMUN) 通过共价蛋白绘图在体内识别囊性纤维化变异体的构象空间和缺陷

 07  (J AM CHEM SOC通过pH调控甲基乙二醛反应解码精氨酸二甲基化异构体:功能蛋白质组学的化学方法

 08  (TRENDS CANCER) 通过可解释的空间多组学追踪癌症进展

一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧!

1. (SCIENCE,IF:44.7) 一种含有所有TAG密码子作为吡咯赖氨酸的古菌遗传密码

2025年11月20日,来自加州大学伯克利分校创新基因组学研究所的研究团队发表了一项关于古菌遗传密码的开创性研究。该研究通过蛋白质组学确认,某些古菌在TAG密码子处可以一致地掺入吡咯赖氨酸(Pyl),这一发现为古菌的遗传密码的替代性提供了有力证据。这项研究提出了“Pyl代码”这一概念,Pyl作为一种替代氨基酸参与编码蛋白质的过程,这与细菌的单系遗传密码分布不同,表明Pyl代码在多个谱系中是独立产生的。

研究进一步发现,Pyl代码在古菌中的应用非常零星,且在超过1800种古菌蛋白中,Pyl的使用数量显著增加了两个数量级。这一发现突破了传统遗传密码的理解,也揭示了Pyl作为一个功能性氨基酸在古菌中的重要作用。此外,研究还指出,五种Pyl转移RNA(tRNA)和吡咯赖氨酰-tRNA合成酶的结合可以在大肠杆菌中引入Pyl类似物,为基因组学和蛋白质合成的研究提供了新的方法和技术。

在古菌中发现新的遗传密码

原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41264687/

2. (NUCLEIC ACIDS RESEARCH,IF:16.6) 大规模解析组织核酸结合蛋白质组:整合亲和层析与基于数据非依赖采集的蛋白质组学

2025年11月13日,上海交通大学生命科学技术学院和加州大学洛杉矶分校联合发表了一项关于核酸结合蛋白质组(NABPome)的研究。研究人员开发了一种名为NABP-DIA的新方法,将亲和层析与基于数据非依赖采集(DIA)蛋白质组学结合,实现了NABPome的全面解析。通过这一方法,研究人员成功地鉴定了大量的NABP,显著提高了在结肠炎模型中小鼠脾脏和胸腺的NABP鉴定数量,并发现结肠炎组小鼠脾脏中与组蛋白甲基化相关的蛋白显著升高。
研究进一步揭示了表观遗传调控在结肠炎中的潜在治疗作用。研究者指出,抑制H3K27me3组蛋白甲基化能够减少炎症因子的释放,表明表观遗传调控可能为治疗结肠炎提供新的途径。此研究不仅为NABPome的动态变化提供了新的视角,也为炎症性肠病及其他免疫相关疾病的诊断和治疗开辟了新的方向。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41261858/

3. (NUCLEIC ACIDS RES,IF:16.6) 使用ProteomicsDB绘制药物机制图:统一的组学和细胞敏感性数据大规模整合

2025年11月17日,慕尼黑工业大学的团队在《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》期刊上发布了对ProteomicsDB平台的重大更新。这次更新将超过1300个蛋白质组和1000个转录组数据,以及来自1500多个癌细胞系的表型细胞敏感性数据进行整合,并通过协调细胞系和药物的名称,改进了跨研究之间的一致性分析。这一更新使得研究人员可以更精确地分析药物作用的机制,并通过三种新的图形用户界面,帮助用户探索药物对蛋白质靶标的作用及其在不同细胞系中的变化。

通过这一平台,研究人员可以更深入地研究药物对细胞的影响,探索剂量分辨的蛋白质表达变化,为精准医学和药物再利用提供了新的支持。ProteomicsDB的更新不仅推动了药物机制研究的深入,也为癌症等重大疾病的治疗提供了更为精准的分子靶点。
图形摘要
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41243953/

4. (MOL NEURODEGENER,IF:14.9) 高灵敏度血浆蛋白质组学揭示大型混合痴呆队列中阿尔茨海默病表型的疾病特异性特征和预测生物标志物

2025年11月17日,华盛顿大学医学院精神病学系的研究团队在《MOL NEURODEGENER》期刊上发表了有关血浆蛋白质组学在神经退行性疾病中的应用的研究。通过对3,232名参与者的血浆样本进行分析,研究人员揭示了与阿尔茨海默病、路易体痴呆、帕金森病等疾病相关的特异性生物标志物,尤其是p-tau217在阿尔茨海默病中的高准确性(AUC为0.81),并且该蛋白在淀粉样蛋白阳性状态中的AUC高达0.96。

研究还分析了疾病特异性蛋白的表达模式,揭示了帕金森病和路易体痴呆的相似性,并发现了一些能够区分各类神经退行性疾病的独特标志物。这项研究不仅为阿尔茨海默病的早期诊断提供了新的生物标志物,也为其他神经退行性疾病的临床诊断和精准治疗提供了理论支持。研究展示了NULISA血浆检测平台在临床应用中的巨大潜力。
多疾病蛋白质组分析的实验流程:NULISASeq™平台的研究设计概述
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41250190/

5. (NAT COMMUN,IF:14.7) 高分辨率蛋白质组学揭示疟疾感染蚊子唾液腺破坏及唾液-血淋巴蛋白交换

2025年11月20日,美国国立过敏与传染病研究所的研究团队在《NAT COMMUN》期刊上发表了关于恶性疟原虫感染对蚊子唾液腺的影响的研究。通过高分辨率蛋白质组学分析,研究发现感染疟疾的蚊子唾液腺中多种蛋白质的表达发生了显著变化。研究表明,感染的蚊子唾液腺中富含来自血淋巴的蛋白,而唾液蛋白则从唾液腺进入循环系统。研究还发现免疫相关的蛋白质在疟疾感染蚊子的唾液中显著减少,可能是由于这些免疫蛋白与孢子体的表面相互作用或唾液腺物理性质的变化所导致。

这项研究揭示了疟疾传播过程中,疟原虫与蚊子唾液腺之间的复杂相互作用,为疟疾防控提供了新的分子机制视角。研究的结果为未来的疟疾传播研究提供了新的思路,并可能为开发新的抗疟疾疫苗或药物提供理论依据。

原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41266344/

6. (NAT COMMUN,IF:14.7) 通过共价蛋白标记在体内识别囊性纤维化变异体的构象空间和缺陷

2025年11月19日,斯克里普斯研究所的团队在《NAT COMMUN》期刊上发表了关于囊性纤维化的研究,展示了共价蛋白标记(CPP)技术在研究蛋白质结构和构象变化中的应用。研究揭示了囊性纤维化中的CFTR蛋白变异体如何在错误折叠的状态下影响其功能,即使在接受药物治疗时也未能完全恢复正常功能。通过CPP技术,研究人员识别了CFTR蛋白的未报道开放机制,并发现不同的变异体在生物发生过程中的构象变化。

该研究不仅提供了对囊性纤维化的分子机制的新理解,还提出了针对那些对药物反应差的错误折叠CFTR变异体的可能治疗策略。这项研究为未来囊性纤维化的治疗方法提供了新方向,并为蛋白质错误折叠疾病的研究奠定了基础。
CPP分析野生型(wt)和∆F508突变型CFTR。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41258017/

7. (J AM CHEM SOC,IF:14.4) 通过pH调控甲基乙二醛反应解码精氨酸二甲基化异构体:功能蛋白质组学的化学方法

2025年11月17日,中国科学院大连化学物理研究所的团队在《J AM CHEM SOC》期刊上发表了关于精氨酸二甲基化异构体的研究。这项研究提出了一种新型的化学方法,利用pH调控甲基乙二醛(MGO)反应,成功解码精氨酸的二甲基化异构体。尽管这两种异构体具有相同的化学式,但它们在生物学上表现出截然不同的效应。研究表明,通过MGO反应的pH调控特性,能够有效区分这两种异构体,并通过硼酸亲和富集技术进一步分离。
这项技术为分析精氨酸二甲基化异构体提供了一个强有力的工具,能够在复杂的细胞样品中进行高效分析,并为蛋白质功能研究提供了新方法。研究还揭示了精氨酸二甲基化对蛋白质稳定性和剪接体组装的关键作用,为后续的蛋白质调控机制研究奠定了基础。
原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41249876/

8. (TRENDS CANCER,IF:14.3) 通过可解释的空间多组学追踪癌症进展

2025年11月18日,赫尔辛基大学医学院的团队在《TRENDS CANCER》期刊上发布了关于卵巢癌进展的研究。研究结合了组织病理学、转录组学和蛋白质组学的空间多组学数据,揭示了低级别浆液性卵巢癌恶性转化背后的分子机制。通过集成这些多组学数据,研究人员发现了卵巢癌进展中RNA-蛋白解耦的现象,并提出了新兴的分子模式,这些模式可能为卵巢癌的精准肿瘤学研究和治疗提供指导。

研究展示了多组学整合在卵巢癌研究中的巨大潜力,尤其是通过空间背景分析癌症的恶性转化过程。该研究不仅推动了卵巢癌生物学的研究,也为精准肿瘤学的应用提供了理论支持,帮助识别新的治疗靶点和卵巢癌的早期标志物。
低级别浆液性癌(LGSC)中的时空多组学整合及未来关键挑战。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41260975/

声明:本文内容基于期刊公开信息整理,中文解读及科普文字由多个AI 助手生成,旨在帮助大众快速理解前沿研究,不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用,请以原始文献与专业人士意见为准。

问询(中文)

公众号