过去几周，蛋白组学领域有哪些新发现？｜Proteomics Snapshot 041

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文献目录
 1  (Nat. Immunol.) AD小胶质细胞空间蛋白质组学
 2  (Nat. Med.) 神经退行性疾病蛋白质组学联盟：生物标志物发现
 3  (Nat. Commun.) 超灵敏宏蛋白质组学：重定义“暗宏蛋白质组”
 4  (Mol. Cell. Proteomics) LncRNA MALAT1促进HIV-1复制
 5  (Nat. Commun.) 人类妊娠期胰岛适应的新范式：免疫组织化学与蛋白质组学见解 
 6  (Mol. Cell. Proteomics) 基于MS的福尔马林固定石蜡包埋组织中淀粉样蛋白的诊断性分型

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1. (Nat. Immunol., IF: 27.7) AD小胶质细胞空间蛋白质组学

2025年7月22日，Nature Immunology 刊登了由斯坦福大学神经科学研究所Tony Wyss-Coray团队主导的阿尔茨海默病研究。该团队利用高维成像质谱流式细胞技术（imaging mass cytometry），在单细胞分辨率下对阿尔茨海默病（AD）患者和健康对照者死后大脑组织中的小胶质细胞进行了深入的空间蛋白质组学分析 (nature.com)。研究团队绘制了一幅详尽的人类小胶质细胞图谱，揭示了其在不同大脑区域以及疾病状态下的显著异质性。
研究发现，在AD患者大脑的淀粉样蛋白斑块附近，存在着特定的小胶质细胞亚群，它们表现出独特的蛋白质表达谱。通过整合空间信息，研究人员发现AD相关的小胶质细胞不仅改变了自身状态，还重塑了其与周围神经元和突触的相互作用。一个关键发现是，在AD的海马体区域，特定的小胶质细胞亚群倾向于从抑制性突触上解离，并失去其正常的抗原呈递能力，这可能导致局部免疫抑制和神经元功能障碍。这项研究为理解小胶质细胞在AD病理中的复杂角色提供了新视角，也为开发靶向特定小胶质细胞状态的治疗策略指明了新方向。
https://www.nature.com/articles/s41590-025-02205-8

2. (Nat. Med., IF: 58.7) 神经退行性疾病蛋白质组学联盟：生物标志物发现

2025年7月15日，Nature Medicine 发表了由英国伦敦大学学院Amanda Heslegrave团队协调的全球多中心研究成果。这项涉及16个国家35个研究中心的大规模研究，通过标准化样本采集和Olink平台检测，建立了首个跨人种神经退行性疾病血浆蛋白梯度模型。这是全球神经退行性疾病蛋白质组学联盟（GNPC）的一项里程碑式研究成果 (nature.com)。该联盟整合了全球23个合作伙伴贡献的超过35,000份生物样本，利用高通量蛋白质组学技术构建了全球最大的神经退行性疾病蛋白质组学数据集。这项研究旨在加速阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）等疾病的生物标志物发现。
通过大规模数据分析，研究团队揭示了与不同疾病相关的特异性和共享的血浆蛋白特征，并发现了一系列与临床痴呆严重程度相关的跨病种蛋白质标志物。此外，研究还成功分离出独立于AD病理的APOE ε4基因型特异性蛋白信号，为理解基因风险因素提供了新见解。这项工作为神经退行性疾病的早期诊断、预后判断和精准治疗提供了丰富的候选生物标志物资源。
https://www.nature.com/articles/s41591-025-03834-0

3. (Nat. Commun., IF: 14.7) 超灵敏宏蛋白质组学：重定义“暗宏蛋白质组”

2025年7月15日，Nature Communications 刊登了由德国马普所微生物组研究中心Peer Bork团队开发的创新方法学。该研究通过优化timsTOF Ultra的离子淌度分离参数，将肠道微生物低丰度蛋白检出限推进至zeptomole级别（10^-21 mol）。超灵敏宏蛋白质组学工作流程被命名为uMetaP。肠道微生物组对人类健康至关重要，但其蛋白质功能在很大程度上仍是未知的“暗物质”。
该研究结合了先进的timsTOF Ultra质谱仪和经过FDR验证的从头测序技术，将蛋白质检测的灵敏度提升了5000倍。通过这一技术，研究人员能够更深入地探索肠道微生物组的功能，揭示了先前未被发现的宿主-微生物相互作用，并识别出与肠道炎症性疾病相关的潜在药物靶点。这项技术突破为功能宏蛋白质组学研究开辟了新途径，有助于我们更全面地理解微生物组在健康与疾病中的作用。
https://www.nature.com/articles/s41467-025-61977-7

4. (Mol. Cell. Proteomics, IF: 6.1) LncRNA MALAT1促进HIV-1复制

2025年7月18日，Molecular & Cellular Proteomics 发表了由北京协和医院李太生团队完成的HIV宿主互作研究。该研究揭示了长链非编码RNA（lncRNA）MALAT1在HIV-1感染中的新调控机制。
研究人员通过蛋白质组学分析发现，线粒体蛋白CHCHD2是受MALAT1调控的关键下游蛋白。MALAT1通过作为“海绵”吸附miR-145-5p，解除了其对CHCHD2的抑制，从而上调了CHCHD2的表达。这个调控轴最终抑制了宿主的I型干扰素（IFN-I）信号通路，削弱了细胞的先天免疫反应，从而为HIV-1的复制创造了有利条件。这项研究为开发靶向lncRNA的抗病毒疗法提供了新的潜在靶点。
https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(25)00096-9/fulltext

5. (Nat. Commun., IF: 14.7) 人类妊娠期胰岛适应的新范式：免疫组织化学与蛋白质组学见解

2025年7月21日，Nature Communications 刊登了由剑桥大学代谢科学研究所Anna L. Gloyn团队主导的人类妊娠期胰岛适应性研究。该研究结合了免疫组织化学和蛋白质组学技术，深入探讨了妊娠期间胰岛细胞（特别是β细胞）如何适应生理性胰岛素抵抗，以维持血糖稳态。研究揭示了妊娠期胰岛在细胞增殖、胰岛素分泌和细胞代谢方面的分子重塑过程。
通过蛋白质组学分析，研究人员识别出与胰岛功能增强和结构重塑相关的关键蛋白质网络和信号通路，为理解妊娠糖尿病的发生机制提供了新的视角，并可能为开发相关干预策略提供靶点。
https://www.nature.com/articles/s41467-025-61852-5

6. (Mol. Cell. Proteomics, IF: 6.1) 基于MS的福尔马林固定石蜡包埋组织中淀粉样蛋白的诊断性分型

2025年7月21日，Molecular & Cellular Proteomics 接受了由梅奥诊所蛋白质组学中心Surendra Dasari团队开发的创新性质谱分型方法。该团队使用质谱（MS）技术对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中淀粉样蛋白进行诊断性分型。淀粉样变性病是一组由错误折叠蛋白质异常沉积引起的疾病，准确识别淀粉样蛋白的类型对于诊断和治疗至关重要。
该研究开发了一种基于内源性标准化蛋白质强度的质谱方法，能够准确区分不同类型的淀粉样蛋白，即使在FFPE这种对蛋白质分析具有挑战性的样本类型中也能实现。这项技术有望为临床病理诊断提供一种快速、准确且高通量的淀粉样蛋白分型工具。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947625001392

声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。

文献目录
 1  (Nat. Immunol.) AD小胶质细胞空间蛋白质组学
 2  (Nat. Med.) 神经退行性疾病蛋白质组学联盟：生物标志物发现
 3  (Nat. Commun.) 超灵敏宏蛋白质组学：重定义“暗宏蛋白质组”
 4  (Mol. Cell. Proteomics) LncRNA MALAT1促进HIV-1复制
 5  (Nat. Commun.) 人类妊娠期胰岛适应的新范式：免疫组织化学与蛋白质组学见解 
 6  (Mol. Cell. Proteomics) 基于MS的福尔马林固定石蜡包埋组织中淀粉样蛋白的诊断性分型

一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！

1. (Nat. Immunol., IF: 27.7) AD小胶质细胞空间蛋白质组学

2025年7月22日，Nature Immunology 刊登了由斯坦福大学神经科学研究所Tony Wyss-Coray团队主导的阿尔茨海默病研究。该团队利用高维成像质谱流式细胞技术（imaging mass cytometry），在单细胞分辨率下对阿尔茨海默病（AD）患者和健康对照者死后大脑组织中的小胶质细胞进行了深入的空间蛋白质组学分析 (nature.com)。研究团队绘制了一幅详尽的人类小胶质细胞图谱，揭示了其在不同大脑区域以及疾病状态下的显著异质性。
研究发现，在AD患者大脑的淀粉样蛋白斑块附近，存在着特定的小胶质细胞亚群，它们表现出独特的蛋白质表达谱。通过整合空间信息，研究人员发现AD相关的小胶质细胞不仅改变了自身状态，还重塑了其与周围神经元和突触的相互作用。一个关键发现是，在AD的海马体区域，特定的小胶质细胞亚群倾向于从抑制性突触上解离，并失去其正常的抗原呈递能力，这可能导致局部免疫抑制和神经元功能障碍。这项研究为理解小胶质细胞在AD病理中的复杂角色提供了新视角，也为开发靶向特定小胶质细胞状态的治疗策略指明了新方向。
https://www.nature.com/articles/s41590-025-02205-8

2. (Nat. Med., IF: 58.7) 神经退行性疾病蛋白质组学联盟：生物标志物发现

2025年7月15日，Nature Medicine 发表了由英国伦敦大学学院Amanda Heslegrave团队协调的全球多中心研究成果。这项涉及16个国家35个研究中心的大规模研究，通过标准化样本采集和Olink平台检测，建立了首个跨人种神经退行性疾病血浆蛋白梯度模型。这是全球神经退行性疾病蛋白质组学联盟（GNPC）的一项里程碑式研究成果 (nature.com)。该联盟整合了全球23个合作伙伴贡献的超过35,000份生物样本，利用高通量蛋白质组学技术构建了全球最大的神经退行性疾病蛋白质组学数据集。这项研究旨在加速阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）等疾病的生物标志物发现。
通过大规模数据分析，研究团队揭示了与不同疾病相关的特异性和共享的血浆蛋白特征，并发现了一系列与临床痴呆严重程度相关的跨病种蛋白质标志物。此外，研究还成功分离出独立于AD病理的APOE ε4基因型特异性蛋白信号，为理解基因风险因素提供了新见解。这项工作为神经退行性疾病的早期诊断、预后判断和精准治疗提供了丰富的候选生物标志物资源。
https://www.nature.com/articles/s41591-025-03834-0

3. (Nat. Commun., IF: 14.7) 超灵敏宏蛋白质组学：重定义“暗宏蛋白质组”

2025年7月15日，Nature Communications 刊登了由德国马普所微生物组研究中心Peer Bork团队开发的创新方法学。该研究通过优化timsTOF Ultra的离子淌度分离参数，将肠道微生物低丰度蛋白检出限推进至zeptomole级别（10^-21 mol）。超灵敏宏蛋白质组学工作流程被命名为uMetaP。肠道微生物组对人类健康至关重要，但其蛋白质功能在很大程度上仍是未知的“暗物质”。
该研究结合了先进的timsTOF Ultra质谱仪和经过FDR验证的从头测序技术，将蛋白质检测的灵敏度提升了5000倍。通过这一技术，研究人员能够更深入地探索肠道微生物组的功能，揭示了先前未被发现的宿主-微生物相互作用，并识别出与肠道炎症性疾病相关的潜在药物靶点。这项技术突破为功能宏蛋白质组学研究开辟了新途径，有助于我们更全面地理解微生物组在健康与疾病中的作用。
https://www.nature.com/articles/s41467-025-61977-7

4. (Mol. Cell. Proteomics, IF: 6.1) LncRNA MALAT1促进HIV-1复制

2025年7月18日，Molecular & Cellular Proteomics 发表了由北京协和医院李太生团队完成的HIV宿主互作研究。该研究揭示了长链非编码RNA（lncRNA）MALAT1在HIV-1感染中的新调控机制。
研究人员通过蛋白质组学分析发现，线粒体蛋白CHCHD2是受MALAT1调控的关键下游蛋白。MALAT1通过作为“海绵”吸附miR-145-5p，解除了其对CHCHD2的抑制，从而上调了CHCHD2的表达。这个调控轴最终抑制了宿主的I型干扰素（IFN-I）信号通路，削弱了细胞的先天免疫反应，从而为HIV-1的复制创造了有利条件。这项研究为开发靶向lncRNA的抗病毒疗法提供了新的潜在靶点。
https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(25)00096-9/fulltext

5. (Nat. Commun., IF: 14.7) 人类妊娠期胰岛适应的新范式：免疫组织化学与蛋白质组学见解

2025年7月21日，Nature Communications 刊登了由剑桥大学代谢科学研究所Anna L. Gloyn团队主导的人类妊娠期胰岛适应性研究。该研究结合了免疫组织化学和蛋白质组学技术，深入探讨了妊娠期间胰岛细胞（特别是β细胞）如何适应生理性胰岛素抵抗，以维持血糖稳态。研究揭示了妊娠期胰岛在细胞增殖、胰岛素分泌和细胞代谢方面的分子重塑过程。
通过蛋白质组学分析，研究人员识别出与胰岛功能增强和结构重塑相关的关键蛋白质网络和信号通路，为理解妊娠糖尿病的发生机制提供了新的视角，并可能为开发相关干预策略提供靶点。
https://www.nature.com/articles/s41467-025-61852-5

6. (Mol. Cell. Proteomics, IF: 6.1) 基于MS的福尔马林固定石蜡包埋组织中淀粉样蛋白的诊断性分型

2025年7月21日，Molecular & Cellular Proteomics 接受了由梅奥诊所蛋白质组学中心Surendra Dasari团队开发的创新性质谱分型方法。该团队使用质谱（MS）技术对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中淀粉样蛋白进行诊断性分型。淀粉样变性病是一组由错误折叠蛋白质异常沉积引起的疾病，准确识别淀粉样蛋白的类型对于诊断和治疗至关重要。
该研究开发了一种基于内源性标准化蛋白质强度的质谱方法，能够准确区分不同类型的淀粉样蛋白，即使在FFPE这种对蛋白质分析具有挑战性的样本类型中也能实现。这项技术有望为临床病理诊断提供一种快速、准确且高通量的淀粉样蛋白分型工具。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947625001392

声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。

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