Science Column

About Proteomics

Nat Mach Intell｜MassFormer：利用图形转换器进行小分子串联质谱预测

Nat Metab｜人类脂肪形成的时空蛋白质组谱图

小鼠渐冻症、神经元空间蛋白组学、DIP-MS、One-Tip｜Proteomics Weekly Snapshot 011

Nat Methods｜DIP-MS：用于解构蛋白复合物的超深度相互作用蛋白质组学

Cell｜SUM-PAINT：单蛋白分辨率的神经元空间蛋白质组学

Protected: The basic principles of MS-based proteomics: a glimpse

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Protected: 蛋白质谱基本原理

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Protected: 常规生信分析解决方案

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Nat Methods｜scPROTEIN：用于单细胞蛋白质组嵌入的多功能深度图对比学习框架

2024 HUPO论文竞赛、“泛组学”、腹水蛋白质组学｜Proteomics Weekly Snapshot 010

OpenMS 3：实现大规模质谱数据的可重复分析

AlphaPept：基于质谱的蛋白质组学开源框架

血浆蛋白组学预测髓样肿瘤风险｜Proteomics Weekly Snapshot 009

Wǒmen 的蛋白质组学

Nature｜核小体 “阅读器” 的蛋白质组学分析

女性生殖衰老多组学见解、热蛋白质组、高脂饮食｜Proteomics Snapshot 008

Nat Metab｜人是铁，饭是钢，7天不吃会怎样？

衰老生物标志物、空间蛋白组学肿瘤研究、海洋塑料微生物群落宏蛋白组学｜Proteomics Weekly Snapshot 007

多组学肿瘤早筛企业获18亿融资、乳腺癌患者分类、AD与癫痫蛋白组｜Proteomics Weekly Snapshot 006

Cell｜肿瘤免疫的泛癌蛋白基因组学特征

2023医保数据、HUPO2024、单细胞蛋白组学流程PiSPA｜Proteomics Weekly Snapshot 005

你的年夜饭，与我们有关

新质谱仪，颠覆蛋白质组学

直播回顾 | 解码队列研究：揭秘临床血液大队列蛋白质组研究思路

浙江癌症数据、Orbitrap Astral、人类扁桃体细胞图谱｜Proteomics Weekly Snapshot 004

Protected: Fragpipe使用介绍

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Protected: DIA-NN使用介绍

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Protected: MSConvert使用介绍

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“窄窗口” 窥见大乾坤：Orbitrap Astral 质谱仪开启nDIA新时代

饭点必看！生酮 vs. 纯素：不同饮食如何影响你的免疫系统？

Nat. Cancer｜AI+多组学！“分子双胞胎” 精准平台预测胰腺癌生存

蛋白组学全球市场报告、象牙和骨头、铝/臭氧暴露｜Proteomics Weekly Snapshot 003

Cancer Cell｜多组学探索胶质母细胞瘤演变和治疗抵抗的生物学机制

欧米合作｜刮点舌苔，测测胃癌：有趣的舌苔宏蛋白组学多中心研究

LC-MS/MS专家共识、长新冠、AD脑脊液/血清蛋白组｜Proteomics Weekly Snapshot 002

小细胞肺癌、舌苔宏蛋白组、乘客基因、SnapATAC2｜Proteomics Weekly Snapshot 001

开年首篇 | The Innovation：大规模脑脊液和血清蛋白质组分析揭示AD早期诊断和分期生物标志物

Mol Syst Biol｜磷酸化蛋白质组学揭示肉瘤细胞对激酶抑制剂的表型药物反应

客户文章｜Gut（IF=24.5）：多组学探索肝癌免疫治疗新策略

Nat Comm｜血清蛋白组学与机器学习揭示肝细胞癌早期诊断新路径

Mol Metab｜蛋白组学助力揭示SURF4在小肠脂质分泌中的潜在机制

蛋白质组学视角下的「致命」红斑狼疮

Life Sci Alliance｜基于蛋白质组学的中危前列腺癌患者分层

Nature｜多队列血浆蛋白组学预测疾病和衰老效应

解锁蛋白质组学的潜力：揭示肿瘤预后生物标志物

metaExpertPro：宏蛋白组谱库构建和DIA质谱分析流程

冰封世界的基因密码：多组学视角下的极地生命

Aging Cell｜全蛋白质组分析揭示骨质疏松症中的分子特征失调和加速衰老

Nature｜Mann：酵母蛋白质的社交网络全景图

MCP｜蛋白质时空表达图谱：小鼠蛋白质生物钟

Nat. Methods｜METLIN-CCS：离子迁移谱 CCS 数据库

机器学习助力蛋白质组学：临床疾病标志物的未来

NCB｜Kuster团队揭示1000个激酶抑制剂的化学蛋白质组全景图

Cell｜不同脑区和细胞类型突触多样性的蛋白质组景观

Nat Comm｜脑脊液蛋白组解码多发性硬化症

公元前4900年，云南人吃上了小米

Cell｜蛋白组学研究发现糖尿病可加速眼睛老化！

新一代蛋白质谱 Astral 论文在 AC 发表

Nat Comm｜Spectroscape：蛋白组学谱图实时查询及可视化新工具

Nature 三连发：UK Biobank 大队列血液蛋白组学

西湖大学郭天南、郑钜圣团队基于万例血清蛋白组预测代谢综合征风险

JAMA｜万人蛋白质组学数据预测心血管疾病风险

Nat Med｜千人脑蛋白质组揭示性别差异

Nat Commun｜蛋白质糖基化遗传调控研究：转铁蛋白+免疫球蛋白G

Nat Comm｜GWAS+蛋白组学：揭示遗传与疾病的未知纽带

Cell等四篇连发｜癌症解谜：蛋白质组与基因组共舞

Cell Metab｜解密人体血浆中蛋白质和代谢物的 “秘密联盟”

Nat Immunol｜揭示蛋白质遗传调控的迷局：炎症、疾病与转录的错综关系

MCP｜五种DIA软件、三种仪器、六个数据集

Nat Med｜时光隧道里的蛛丝马迹：蛋白质组学揭秘阿尔茨海默病漫长 “自然史”

阿瓜遇到 Doctor G……

Bioactive Materials｜徐安定/逯丹/麦鸿成团队聚焦缺氧神经元小细胞外囊泡取得新突破

MCP | 人肝细胞癌和肝内胆管癌的蛋白质组景观

我：恐龙扛狼 科学家：？

法医你好，请查收你的破案「蛋白秘籍」

蛋白质谱进展简报｜空间分辨CRISPR筛选；心脑相关性；创面纤维化与再生

是痣还是癌？又一青年歌手因此去世

Microbiome：肠道微生物组特征与HIV-1储库大小和病毒血症控制有关

“女版乔布斯” 锒铛入狱，“滴血验癌” 是科学骗局还是未来可期？

蛋白质谱进展简报｜基因预测肿瘤类型；肠道微生物转录特征；结直肠癌；糖皮质激素

宏蛋白组应用 | Microbiome：长期封闭环境中与积极情绪相关的肠道菌群多组学研究

宏蛋白组应用 | Microbiome：胰岛自身免疫发作时儿童肠道中的多组学相互作用研究

Science Advances ｜去泛素化酶USP7维持小鼠胚胎干细胞多能性的分子机制

Immunity｜多组学研究揭示新冠Omicron感染者的血液 “生态系统”

蛋白 “肠” 识 | 开启宏蛋白新篇

蛋白质组进展简报｜肠道微生物；体液蛋白质组学；小鼠组织的PPI

蛋白质组进展简报｜DIA磷酸化蛋白质组；DeepDetect；胰腺导管癌多组学图谱

蛋白质组进展简报｜数字临床试验；肿瘤微生物；乳腺癌转移

药物如何改变我们的蛋白质世界：剂量与时间的影响

客户文章 | Stroke（IF=10.17） 空间蛋白组学分析助力学者在泛血管血栓研究取得新突破

揭开药物作用机制的“神秘面纱”：蛋白质全图谱之旅

欧米探 “店”｜周二，走进西湖欧米质谱房

蛋白质组进展简报 | 第十四周

肠道微生物与肥胖；膳食蛋白质与睡眠；单细胞蛋白质组学；血液微生物

突破限制 | OmniProt深度血液蛋白组新品发布

蛋白质谱进展简报 | 第十三周

邻近标记；免疫治疗模型；空间表观多组学分析；甲状腺结节

蛋白质谱进展简报 | 第十二周

肾癌多组学；肿瘤微生物组；人脑转录组；癫痫单细胞转录组； 乳腺癌预后

Protein & Cell | 都接种新冠疫苗，为何抗体水平各不同？

三年不窥园：新冠知多少，蛋白来报道

蛋白质谱进展简报 | 2023年第十一周

longCVD；​AlphaPeptStats；microPOTs；药物蛋白质组；肿瘤驱动因子；肺癌筛查

蛋白质谱进展简报 | 2023年第十周

midiaPASEF采样模式；​Deep learning in Proteomics；细胞新合成的蛋白质

蛋白质谱进展简报 | 2023年第九周

无需结构修饰鉴定小分子化合物靶点的方法；尿液蛋白与肿瘤；AI辅助筛选抗菌肽；宏蛋白组蛋白推断

J Pathol | 临床大队列蛋白组学揭示透明细胞卵巢癌的临床亚群

蛋白质谱进展简报 | 2023年第八周

使用多模态深度学习预测AD进展的方法；再利用的药物可能与 AD 发病率的降低有关

Diabetes Care | 血浆蛋白组学预测糖尿病的发生

科研进展 | 西湖实验室郑钜圣、郭天南团队合作揭示中国汉族人群血液蛋白质组的遗传机制

蛋白质谱进展简报 | 2023年第七周

单价和双价加强针中和抗体滴度；ADresource文章；图片分类的Vision Transformer模型

看完《狂飙》想吃鱼？ok，蛋白质组学来帮你

以AI之光，照亮蛋白质宇宙的 “暗物质”

电源是蛋白质组大数据。

蛋白质谱进展简报 | 2023年第六周

带有致病性的肠道细菌可以诱导人类肠道细胞发生突变；利用SVM模型来识别神经肽；关于肥胖的标记物的工作

解码蛋白质组 探秘生命科学

蛋白质谱进展简报 | 2023年第五周

AI揭示多组学数据与药物关联；多模态分析方法；一种基于浏览器的开源ML工具

Scientists from 8 Countries Co-authored an Report Summarizing the Progress of Human Proteome Research in 2022

Can AI-empowered proteomics be disruptive? Watch how the 2023 annual report will be written.

蛋白质谱进展简报 | 2023年第四周

AI制药领域的底层逻辑；蛋白质组动态变化研究

人工智能+蛋白质组学：药物研发的生物学底层变革

本文作者郭天南教授将从蛋白质组大数据与人工智能的角度，对于以上问题给出分析和解读。

蛋白质谱进展简报 | 2023年第三周

Markus Ralser：酵母全基因组遗传扰动的蛋白质组学图谱

蛋白质谱进展简报 | 2023年第二周

建库软件新神器Scribe；蛋白质组数据分析工具MSstats建站；多组学样本制备新方案

An Old “Photo” Holding Proteomics Memory

疾病进展期间和治疗期间的“记忆”是如何被保存下来？

Spatial Proteomics | Go With the Next Trend

空间蛋白质组学为寻找生物标志物和开发新的诊疗方法提供全新的视角。

The fascinating world of proteomics

Proteins at work-the fascinating world of proteomics

欧米科服show

机器学习助力蛋白质组学：临床疾病标志物的未来

欧米科服show｜“膨胀” 的空间蛋白质组学 ProteomEx

About Thyroid

What Is Thyroid

大熊猫：我懒惰，我躺平，因为我这里有问题（不是脑子）

Physical Examination Report of Modern Young Generations: Know Every Single Word of It Yet Know Nothing

How to read the report of the thyroid function test?

An organ, lighter than an egg, pinching our whole body?

Pinched by it…

At First Glance, It Wasn’t Called Thryoid

Looking back on history, how do we humans learn about thyroid diseases bit by bit?

Thyroid Diagnosis

阿瓜历险记 ｜ 如果有时光机，你想回到几岁？

ThyroProt™

Thyroid Diseases

甲状腺不好，你可能更秃

当甲状腺疾病和睡眠障碍开始叠buff｜世界睡眠日

阿瓜历险记 ｜ 如果有时光机，你想回到几岁？

脖子下的蝴蝶效应：“心病” 或需 “甲药” 医

甲状腺疾病可能成为心脏的 “隐形杀手”。

肥宅发问：究竟是肥胖害我得病，还是疾病令我肥胖？

阿瓜历险记

如果遗落荒岛，只能带三样东西……

“对付” 甲状腺疾病：从中医草药，到AI精准诊断

现在在疾病诊疗、健康管理和药物研发领域逐渐占有一席之地的AI（人工智能技术），能否给甲状腺结节诊断带来一些思路？

Do you really understand thyroid disease?

What is the thyroid gland? Is it necessary to panic about thyroid diseases?

This disease, affects 200 million people

A global public health issue that cannot be ignored.

A reason that can affect a child’s intelligence…

Is it medical truth, or alarmist?

免疫系统 “暴打” 自己人？原来你患的是这种无法治愈的病

什么是自身免疫性甲状腺疾病？

咽喉疼痛、吞咽困难，可能不是“阳”了，是“炎”

Thyroid Nodule

宝，看完《县委大院》，我的新年愿望和你的这个器官有关

新年快乐，新年健康。

体检查出结节不用管？警惕，它们可能在悄悄癌变！

我们应该如何正确对待甲状腺结节？

Thyroid nodules, how are they diagnosed?

What is thyroid ?

Hyperthyroidism and Hypothyroidism

甲状腺不好，你可能更秃

肥宅发问：究竟是肥胖害我得病，还是疾病令我肥胖？

Get Warned If You Can’t Gain Weight No Matter How Much You Eat! Maybe It’s Hyperthyroidism.

If you can’t put on weight no matter how much you eat or are suffering from palpitation once you are hungry, maybe it’s time to get your thyroid checked out.

Thyroid Cancer

中国甲状腺癌人数突然飙升，多数是女性，为什么？怎么办?

从切尔诺贝利，到儿童甲状腺癌｜儿童节说

温柔的癌，重女轻男

世界抗癌日 | 这种癌，城市地区女性发病率第4位

甲状腺癌的基础知识、基因检测和精准医疗。

中国甲状腺癌人数飙升，女性尤其多，到底为什么？

甲状腺癌患者要不要打新冠疫苗？全球综合性指引来了

甲癌患者要不要打新冠疫苗？感染新冠期间如何服药和治疗？

Cut Half of It or Cut It All Out? It’s An Organ. Not A Cake…

History and Humanities of Thyroid

兄弟们，拿破仑时代 “白痴病” 的解药，就在你家厨房

在吗？苏轼@你：怕你生气，为你写诗

黄韬教授：回顾历史，看清 “甲状腺癌过度诊疗” 真相

Mona Lisa’s smile: happy or sick?

The disease hidden in the artwork, starting with the Mona Lisa.

辉煌、衰落、质疑与正名：甲状腺与碘的 “爱恨情仇”

从19世纪初开始，碘与甲状腺的“不解之缘”延续至今

About AI-drug

AI的魔力：重塑药物发现与开发的新途径

AI for Science 势不可挡：科技部启动「人工智能驱动的科学研究」专项部署工作

AI赋能药物研发，中国药企进展到了哪里？

时代变了！GPT-4震撼来袭，你可能想不到它有多强大……

AI药物研发，谁先吃到这块蛋糕？

AI开始叠buff？ChatGPT、Alphafold2和云实验室联手破局生物学

Drug Discov Today | 人工智能辅助药物发现的新道路

ChatGTP给生命健康带来什么样的启示？

人工智能+蛋白质组学：药物研发的生物学底层变革

本文作者郭天南教授将从蛋白质组大数据与人工智能的角度，对于以上问题给出分析和解读。

AI制药的「三大派系」之争：互联网巨头、药企、AI新贵掀起的「江湖风云」

VC投注、派别林立，未来的AI制药格局将极具故事性。

AI制药，风口之上：泡沫or未来？

在资本的热捧下，AI制药是泡沫还是未来，能否引领创新药行业新的变革浪潮？

AI制药步入寒冬了吗？

不管季节如何变换，种子最好的做法总是使劲向下生长根须、向上孕育果实。

AI制药：建立药、病、人的元宇宙

为什么我们需要AI制药？AI制药如何实现 “三级跳”？
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