过去几周，蛋白组学领域有哪些新发现？｜Proteomics Snapshot 043

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 1   (Nature Medicine) 人类肾脏的蛋白质基因组学景观及其对心肾代谢健康的影响

 2   (‌Journal of Hepatology) 蛋白质基因组学分析预测肝外胆管癌辅助化疗的结果

 3   (Journal of Hepatology) LONP1表达减少通过提高尿嘧啶酸水平加剧MASH诱导的肝纤维化

 4   (Cell Host & Microbe) 假单胞菌通过单一调控系统协调对病毒和细菌的先天防御

 5   (Nucleic Acids Research) PIRT-Seq：一种高分辨率全基因组检测方法用于鉴定蛋白编码基因

 6   (Nature Communications) 欧洲和非洲血统特异性血浆蛋白-QTL和代谢物-QTL分析识别血统特异性的T2D效应蛋白和代谢物

 7   (Alzheimer's & Dementia) 血浆蛋白质组学分析识别与阿尔茨海默病风险相关的蛋白和通路

 8   (Journal of Hazardous Materials) 八碳环烯在斜生四孢藻中的细胞色素P450介导的生物转化：整合转录组学、蛋白质组学、分子对接和密度泛函理论计算的见解

一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！

1.（Nature Medicine，IF：58.7）人类肾脏的蛋白质基因组学景观及其对心肾代谢健康的影响

2025年8月12日，Nature Medicine发表了由宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院医学系肾脏电解质和高血压科、糖尿病肥胖症和代谢研究所、遗传学系、CHOP肾脏创新中心等机构合作完成的研究。全球近三分之一的人口受到心肾代谢（CKM）疾病的影响，但CKM疾病的分子机制尚不清楚。本研究通过对337个人类肾脏样本进行全基因组和RNA测序以及蛋白质组学分析，展示了组织蛋白质组学提供的关键见解，这些信息无法通过组织基因表达或血液蛋白质组学信息获得，并生成了一个公开可用的数据库。通过贝叶斯共定位和孟德尔随机化分析，研究团队优先考虑了89个与CKM特征相关的蛋白。团队发现了可能解释CKM特征相互关联的关系，并揭示了CKM疾病的多种可靶向机制，包括肾脏血管生成素样蛋白3（ANGPTL3）在血清脂质水平和肾功能中的潜在作用，以及多泡体蛋白1A在肾功能和高血压中的作用。值得注意的是，研究人员在遗传位点、组织基因表达和蛋白水平上发现了具有证据汇聚的通路。总之，本项研究的大规模肾脏蛋白质组学研究揭示了优先考虑的CKM疾病的蛋白和可靶向机制。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40796935/

Fig. 1: Integrative multi-omics analysis of human kidneys.

2. （Journal of Hepatology，IF：26.8）蛋白质基因组学分析预测肝外胆管癌辅助化疗的结果

2025年8月11日，Journal of Hepatology刊登了由首尔大学医学院附属医院肿瘤科、生物信息核心实验室、Asan医学中心融合医学研究中心等机构完成的研究。

胆管癌是一种异质性疾病，其分子特征和生物标志物尚未完全了解。在此，研究团队进行了全面的蛋白质基因组学分析，以研究肝外胆管癌（EH-CCA）的分子景观。为了识别潜在的生物标志物，在STAMP试验（一项针对切除EH-CCA患者的辅助卡培他滨或吉西他滨加顺铂（GemCis）的随机2期试验）中进行了预设的探索性分析。在意向治疗人群中101名患者中，89名被纳入生物标志物分析（45名接受GemCis治疗，44名接受卡培他滨治疗）。手术标本通过全外显子测序和蛋白质组学分析进行评估。

研究团队进行了无病生存期（DFS）的相关预后和预测生物标志物分析。结果：最常见的体细胞突变发生在TP53（63%）、SMAD4（20%）和KRAS（18%）。同源重组缺陷（HRD）存在于10名患者（11%），微卫星不稳定性存在于1名患者（1%），根据ESCAT分类，可操作的改变存在于13名患者（15%）。PIK3CA和FBXW7突变与较差的DFS显著相关，11q13.3扩增与较好的DFS相关。一些基因组改变——包括8q24.21、3q26.1和4p16.3扩增，8p23.1缺失和HRD——显示出与辅助治疗方案的显著交互作用，有利于GemCis。

为了整合这些潜在的多组学预测生物标志物的影响，研究团队开发了一种机器学习预测模型来计算条件平均处理效应（CATE），并将患者分为三组：CATE最高（有利于GemCis）、中间（无预测差异）和最低（有利于卡培他滨）。该模型显示了与辅助治疗的显著交互作用，并且与DFS显著相关。在这里，研究团队确定了几个预后和预测生物标志物，这些生物标志物可能有助于指导切除EH-CCA的辅助化疗选择，但仍需要进一步验证。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40803577/

Graphical abstract

3.（Journal of Hepatology，IF：26.8）LONP1表达减少通过提高尿嘧啶酸水平加剧MASH诱导的肝纤维化

2025年8月8日，Journal of Hepatology发表了由安徽医科大学第一附属医院肝胆外科、安徽创新医药基础研究省级创新研究院、安徽医科大学基础医学院、新疆维吾尔自治区维吾尔医医院等研究团队的最新研究。
识别导致代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）肝纤维化的代谢靶点对于开发有效的预防疗法至关重要。然而，MASH中失调的代谢途径及其潜在的分子机制仍然知之甚少。Lon肽酶1（LONP1）是一种线粒体蛋白酶，以其在维持线粒体蛋白质量监控和执行高度调控的蛋白水解反应中的关键作用而闻名。本研究旨在探讨LONP1如何将蛋白水解监控与肝纤维化中的线粒体代谢重编程联系起来的精确机制。
研究团队使用小鼠肝纤维化模型、肝细胞特异性LONP1敲除小鼠模型和MASH患者的肝活检。转录组学、蛋白质组学和代谢组学用于识别促进MASH诱导的肝纤维化的潜在代谢物。结果发现，在患者和MASH小鼠中，LONP1表达减少。肝细胞特异性LONP1缺乏导致二氢乳清酸脱氢酶（DHODH）积累、尿嘧啶酸水平升高和MASH诱导的纤维化加重。相反，LONP1的过表达或DHODH抑制剂的施用降低了尿嘧啶酸水平并缓解了小鼠MASH诱导的肝纤维化。从机制上讲，LONP1被证明以ATP依赖的方式选择性降解DHODH，从而降低尿嘧啶酸水平并抑制激活转录因子3（ATF3）介导的肝星状细胞激活。这些发现已在MASH患者中得到验证，因为血浆尿嘧啶酸水平与肝LONP1水平呈负相关，与纤维化基因表达和纤维化评分呈正相关。
研究结果表明，LONP1-DHODH相互作用调节尿嘧啶酸代谢并缓解MASH诱导的肝纤维化。肝纤维化是MASH的主要组织学决定因素之一，这种疾病与全球范围内代谢综合征的激增平行。本研究表明，LONP1将危险感知与免疫反应的激活联系起来，并调节尿嘧啶酸代谢，从而促进MASH诱导的肝纤维化的进展。这些发现表明，靶向尿嘧啶酸或肝细胞LONP1可能代表一种有前景的治疗策略。进一步研究线粒体尿嘧啶酸代谢可能会为肝纤维化的发病机制提供新的见解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40784490/

Graphical abstract

4.（Cell Host & Microbe，IF：20.6）假单胞菌通过单一调控系统协调对病毒和细菌的先天防御

2025年8月13日，Cell Host & Microbe发表了华盛顿大学微生物学系、圣路易斯大学生物学系等机构的联合研究。
细菌细胞生活在其他细菌和病毒带来的持续存在威胁下。应对这些威胁的机制已有充分记录；然而，这些多样化防御元素的调控仍知之甚少。在此，研究团队描述了一种全基因组范围内的协调且高效的免疫反应，称为Gac/Rsm调控统一对抗反应和防御（GUARD），它利用单一调控途径保护免受细菌和病毒威胁。生物信息学分析揭示了假单胞菌属中广泛存在的Gac/Rsm调控途径（GRP），这是铜绿假单胞菌中已知的一种危险感知系统。对不同假单胞菌物种的蛋白质组学研究表明，该途径调控了一系列涉及防御细菌和噬菌体威胁的大规模且可变的因素。
聚焦于荧光假单胞菌，研究团队鉴定了这些因素对多种形式的细菌拮抗和几种噬菌体的深刻表型后果。结果表明，细菌像多细胞真核生物一样，将危险感知与包含抗菌和抗病毒臂的免疫反应激活耦合在一起。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40812186/

Graphical abstract

5.（Nucleic Acids Research，IF：16.6）PIRT-Seq：一种高分辨率全基因组检测方法用于鉴定蛋白编码基因

2025年8月11日，Nucleic Acids Research刊登了昆士兰大学分子生物科学研究所、埃克塞特大学环境与可持续发展研究所及生态与保护中心、圣路易斯大学生物科学系等机构的研究。
高密度诱变和数据挖掘研究的出现表明细菌基因组中存在进一步的编码潜力。短或重叠基因在所有生命领域中普遍存在，但由于检测方面的挑战，它们的注释和功能常常被忽视。为了克服现有蛋白质检测方法的局限性，研究团队应用了一种基于遗传学的方法。他们将双选择转座子插入测序与翻译报告基因结合，以独立于基因组注释的大规模方式识别整个基因组中的开放阅读框。研究团队将这种方法应用于特征明确的物种大肠杆菌。该方法揭示了超过200个推定的新蛋白编码序列（CDS）。这些主要是短CDS（<50个氨基酸），包括高度保守并与功能重要基因相邻的蛋白质。使用染色体标签，研究团队验证了选定CDS的表达。研究团队提出这种方法（通过报告基因转座子测序鉴定蛋白质：PIRT-Seq）作为一种补充全细胞蛋白质组学和核糖体捕获的方法，用于条件依赖性鉴定蛋白质CDS，并作为一种高通量方法测试条件基因表达。研究团队预计这项技术将成为未来高通量遗传学研究的起点，以确定多种细菌物种中未注释基因的存在。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40808296/

Graphical abstract

6.（Nature Communications，IF：14.7）欧洲和非洲血统特异性血浆蛋白-QTL和代谢物-QTL分析识别血统特异性的T2D效应蛋白和代谢物

2025年8月11日，Nature Communications发表了华盛顿大学医学院精神病学系、神经基因组学和信息学中心等机构的技术论文。
在这项研究中，研究团队生成并整合了超过2300名欧洲（EUR）和400名非洲（AFR）血统个体的血浆蛋白质组学和代谢组学与基因型数据集，以识别血统特异性的多组学数量性状位点（QTL）。总共，研究团队映射了954个AFR pQTLs、2848个EUR pQTLs、65个AFR mQTLs和490个EUR mQTLs。
研究团队进一步将这些QTL应用于按血统分层的2型糖尿病（T2D）风险，以确定与疾病相关遗传位点相关的关键蛋白和代谢物。使用结合特征插补和共定位结果的INTACT方法，研究团队提名了来自EUR集合的270个蛋白和72个代谢物；来自AFR集合的七个蛋白和一个代谢物作为按血统分层的T2D风险的分子效应因子。
本研究展示了不同血统的遗传和组学研究的整合可用于识别不同祖先群体中同一疾病的基础不同的效应分子特征。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40789849/

Fig. 1: Schematics of the study design on genetic architecture of the plasma proteome and metabolome in participants with African and European ancestry.

7.（Alzheimers Dement，IF：13.0）血浆蛋白质组学分析识别与阿尔茨海默病风险相关的蛋白和通路

2025年8月14日，Alzheimers Dement发表了印第安纳大学医学院与梅奥诊所等机构的review文章。
研究团队调查了血浆蛋白与基于血液的淀粉样蛋白/tau/神经退行性变/炎症（A/T/N/I）生物标志物在阿尔茨海默病（AD）中的关联。研究团队使用来自印第安纳AD研究中心（N = 498）的血浆蛋白质组学和临床数据，进行了血浆蛋白与血液A/T/N/I生物标志物以及诊断的关联分析，随后在一个独立队列（N = 323）中进行复制，网络分析、通路富集和机器学习分类以识别与AD风险相关的蛋白和通路。
结果，研究团队鉴定了35个与AD相关的蛋白，其中20个在独立队列中得到了复制。研究团队鉴定了分别与T/N/I生物标志物相关的150、448和219个蛋白，揭示了生物标志物特异性通路。网络分析鉴定了两个与T/N/I生物标志物相关的模块，在脑脊液（CSF）中得以保留，以及它们富集的通路。蛋白质分类模型有效区分了AD（曲线下面积[AUC] = 0.930）。
本研究结果表明AD中血浆蛋白和通路的失调，增强了我们对AD分子机制和诊断策略的理解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40810263/

Fig. 1: Workflow diagram of the study. A/T/N/I, amyloid/tau/neurodegeneration/inflammation; ADNI, Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative; CSF, cerebrospinal fluid; FCA3DS, Florida African American Alzheimer’s Disease Studies; IADRC, Indiana Alzheimer’s Disease Research Center

8.（Journal of Hazardous Materials，IF：12.2）碳环烯在斜生四孢藻中的细胞色素P450介导的生物转化：整合转录组学、蛋白质组学、分子对接和密度泛函理论计算的见解

2025年8月10日，Journal of Hazardous Materials发表了广西大学南海珊瑚礁研究国家重点实验室等机构的文章。
八碳环烯（OC）是一种防晒活性成分，由于其广泛的分布和毒性引起了相当大的关注。然而，对其在微藻中的去除效率、消除途径和相关机制知之甚少。在这里，研究团队研究了斜生四孢藻去除OC的效率、生物转化产物、途径以及细胞色素P450（CYP450）催化反应机制。研究团队发现斜生四孢藻在10天内去除了大约95%的OC，其中生物转化（82%-99%）是主要的去除途径。鉴定了十个转化产物（TPs），其中单羟基化TPs占总丰度的54.1%。转录组学和蛋白质组学结果均显示七种CYP450s的表达显著上调，其中六种是CYP26样蛋白。
此外，非特异性CYP450酶抑制剂1-氨基苯并三唑（ABT）显著抑制了OC的生物转化率，证明了CYP450在斜生四孢藻中OC生物转化中的参与。分子对接和DFT计算共同揭示了OC与CYP26样的特定结合构象有利于烷基链羟基化。本研究结果表明斜生四孢藻可以有效地降解OC，为开发绿色和可持续的新兴污染物如OC去除方法提供了新的见解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40811917/

Graphical Abstract

声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。

 1   (Nature Medicine) 人类肾脏的蛋白质基因组学景观及其对心肾代谢健康的影响

 2   (‌Journal of Hepatology) 蛋白质基因组学分析预测肝外胆管癌辅助化疗的结果

 3   (Journal of Hepatology) LONP1表达减少通过提高尿嘧啶酸水平加剧MASH诱导的肝纤维化

 4   (Cell Host & Microbe) 假单胞菌通过单一调控系统协调对病毒和细菌的先天防御

 5   (Nucleic Acids Research) PIRT-Seq：一种高分辨率全基因组检测方法用于鉴定蛋白编码基因

 6   (Nature Communications) 欧洲和非洲血统特异性血浆蛋白-QTL和代谢物-QTL分析识别血统特异性的T2D效应蛋白和代谢物

 7   (Alzheimer's & Dementia) 血浆蛋白质组学分析识别与阿尔茨海默病风险相关的蛋白和通路

 8   (Journal of Hazardous Materials) 八碳环烯在斜生四孢藻中的细胞色素P450介导的生物转化：整合转录组学、蛋白质组学、分子对接和密度泛函理论计算的见解

一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！

1.（Nature Medicine，IF：58.7）人类肾脏的蛋白质基因组学景观及其对心肾代谢健康的影响

2025年8月12日，Nature Medicine发表了由宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院医学系肾脏电解质和高血压科、糖尿病肥胖症和代谢研究所、遗传学系、CHOP肾脏创新中心等机构合作完成的研究。全球近三分之一的人口受到心肾代谢（CKM）疾病的影响，但CKM疾病的分子机制尚不清楚。本研究通过对337个人类肾脏样本进行全基因组和RNA测序以及蛋白质组学分析，展示了组织蛋白质组学提供的关键见解，这些信息无法通过组织基因表达或血液蛋白质组学信息获得，并生成了一个公开可用的数据库。通过贝叶斯共定位和孟德尔随机化分析，研究团队优先考虑了89个与CKM特征相关的蛋白。团队发现了可能解释CKM特征相互关联的关系，并揭示了CKM疾病的多种可靶向机制，包括肾脏血管生成素样蛋白3（ANGPTL3）在血清脂质水平和肾功能中的潜在作用，以及多泡体蛋白1A在肾功能和高血压中的作用。值得注意的是，研究人员在遗传位点、组织基因表达和蛋白水平上发现了具有证据汇聚的通路。总之，本项研究的大规模肾脏蛋白质组学研究揭示了优先考虑的CKM疾病的蛋白和可靶向机制。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40796935/

Fig. 1: Integrative multi-omics analysis of human kidneys.

2. （Journal of Hepatology，IF：26.8）蛋白质基因组学分析预测肝外胆管癌辅助化疗的结果

2025年8月11日，Journal of Hepatology刊登了由首尔大学医学院附属医院肿瘤科、生物信息核心实验室、Asan医学中心融合医学研究中心等机构完成的研究。

胆管癌是一种异质性疾病，其分子特征和生物标志物尚未完全了解。在此，研究团队进行了全面的蛋白质基因组学分析，以研究肝外胆管癌（EH-CCA）的分子景观。为了识别潜在的生物标志物，在STAMP试验（一项针对切除EH-CCA患者的辅助卡培他滨或吉西他滨加顺铂（GemCis）的随机2期试验）中进行了预设的探索性分析。在意向治疗人群中101名患者中，89名被纳入生物标志物分析（45名接受GemCis治疗，44名接受卡培他滨治疗）。手术标本通过全外显子测序和蛋白质组学分析进行评估。

研究团队进行了无病生存期（DFS）的相关预后和预测生物标志物分析。结果：最常见的体细胞突变发生在TP53（63%）、SMAD4（20%）和KRAS（18%）。同源重组缺陷（HRD）存在于10名患者（11%），微卫星不稳定性存在于1名患者（1%），根据ESCAT分类，可操作的改变存在于13名患者（15%）。PIK3CA和FBXW7突变与较差的DFS显著相关，11q13.3扩增与较好的DFS相关。一些基因组改变——包括8q24.21、3q26.1和4p16.3扩增，8p23.1缺失和HRD——显示出与辅助治疗方案的显著交互作用，有利于GemCis。

为了整合这些潜在的多组学预测生物标志物的影响，研究团队开发了一种机器学习预测模型来计算条件平均处理效应（CATE），并将患者分为三组：CATE最高（有利于GemCis）、中间（无预测差异）和最低（有利于卡培他滨）。该模型显示了与辅助治疗的显著交互作用，并且与DFS显著相关。在这里，研究团队确定了几个预后和预测生物标志物，这些生物标志物可能有助于指导切除EH-CCA的辅助化疗选择，但仍需要进一步验证。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40803577/

Graphical abstract

3.（Journal of Hepatology，IF：26.8）LONP1表达减少通过提高尿嘧啶酸水平加剧MASH诱导的肝纤维化

2025年8月8日，Journal of Hepatology发表了由安徽医科大学第一附属医院肝胆外科、安徽创新医药基础研究省级创新研究院、安徽医科大学基础医学院、新疆维吾尔自治区维吾尔医医院等研究团队的最新研究。
识别导致代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）肝纤维化的代谢靶点对于开发有效的预防疗法至关重要。然而，MASH中失调的代谢途径及其潜在的分子机制仍然知之甚少。Lon肽酶1（LONP1）是一种线粒体蛋白酶，以其在维持线粒体蛋白质量监控和执行高度调控的蛋白水解反应中的关键作用而闻名。本研究旨在探讨LONP1如何将蛋白水解监控与肝纤维化中的线粒体代谢重编程联系起来的精确机制。
研究团队使用小鼠肝纤维化模型、肝细胞特异性LONP1敲除小鼠模型和MASH患者的肝活检。转录组学、蛋白质组学和代谢组学用于识别促进MASH诱导的肝纤维化的潜在代谢物。结果发现，在患者和MASH小鼠中，LONP1表达减少。肝细胞特异性LONP1缺乏导致二氢乳清酸脱氢酶（DHODH）积累、尿嘧啶酸水平升高和MASH诱导的纤维化加重。相反，LONP1的过表达或DHODH抑制剂的施用降低了尿嘧啶酸水平并缓解了小鼠MASH诱导的肝纤维化。从机制上讲，LONP1被证明以ATP依赖的方式选择性降解DHODH，从而降低尿嘧啶酸水平并抑制激活转录因子3（ATF3）介导的肝星状细胞激活。这些发现已在MASH患者中得到验证，因为血浆尿嘧啶酸水平与肝LONP1水平呈负相关，与纤维化基因表达和纤维化评分呈正相关。
研究结果表明，LONP1-DHODH相互作用调节尿嘧啶酸代谢并缓解MASH诱导的肝纤维化。肝纤维化是MASH的主要组织学决定因素之一，这种疾病与全球范围内代谢综合征的激增平行。本研究表明，LONP1将危险感知与免疫反应的激活联系起来，并调节尿嘧啶酸代谢，从而促进MASH诱导的肝纤维化的进展。这些发现表明，靶向尿嘧啶酸或肝细胞LONP1可能代表一种有前景的治疗策略。进一步研究线粒体尿嘧啶酸代谢可能会为肝纤维化的发病机制提供新的见解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40784490/

Graphical abstract

4.（Cell Host & Microbe，IF：20.6）假单胞菌通过单一调控系统协调对病毒和细菌的先天防御

2025年8月13日，Cell Host & Microbe发表了华盛顿大学微生物学系、圣路易斯大学生物学系等机构的联合研究。
细菌细胞生活在其他细菌和病毒带来的持续存在威胁下。应对这些威胁的机制已有充分记录；然而，这些多样化防御元素的调控仍知之甚少。在此，研究团队描述了一种全基因组范围内的协调且高效的免疫反应，称为Gac/Rsm调控统一对抗反应和防御（GUARD），它利用单一调控途径保护免受细菌和病毒威胁。生物信息学分析揭示了假单胞菌属中广泛存在的Gac/Rsm调控途径（GRP），这是铜绿假单胞菌中已知的一种危险感知系统。对不同假单胞菌物种的蛋白质组学研究表明，该途径调控了一系列涉及防御细菌和噬菌体威胁的大规模且可变的因素。
聚焦于荧光假单胞菌，研究团队鉴定了这些因素对多种形式的细菌拮抗和几种噬菌体的深刻表型后果。结果表明，细菌像多细胞真核生物一样，将危险感知与包含抗菌和抗病毒臂的免疫反应激活耦合在一起。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40812186/

Graphical abstract

5.（Nucleic Acids Research，IF：16.6）PIRT-Seq：一种高分辨率全基因组检测方法用于鉴定蛋白编码基因

2025年8月11日，Nucleic Acids Research刊登了昆士兰大学分子生物科学研究所、埃克塞特大学环境与可持续发展研究所及生态与保护中心、圣路易斯大学生物科学系等机构的研究。
高密度诱变和数据挖掘研究的出现表明细菌基因组中存在进一步的编码潜力。短或重叠基因在所有生命领域中普遍存在，但由于检测方面的挑战，它们的注释和功能常常被忽视。为了克服现有蛋白质检测方法的局限性，研究团队应用了一种基于遗传学的方法。他们将双选择转座子插入测序与翻译报告基因结合，以独立于基因组注释的大规模方式识别整个基因组中的开放阅读框。研究团队将这种方法应用于特征明确的物种大肠杆菌。该方法揭示了超过200个推定的新蛋白编码序列（CDS）。这些主要是短CDS（<50个氨基酸），包括高度保守并与功能重要基因相邻的蛋白质。使用染色体标签，研究团队验证了选定CDS的表达。研究团队提出这种方法（通过报告基因转座子测序鉴定蛋白质：PIRT-Seq）作为一种补充全细胞蛋白质组学和核糖体捕获的方法，用于条件依赖性鉴定蛋白质CDS，并作为一种高通量方法测试条件基因表达。研究团队预计这项技术将成为未来高通量遗传学研究的起点，以确定多种细菌物种中未注释基因的存在。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40808296/

Graphical abstract

6.（Nature Communications，IF：14.7）欧洲和非洲血统特异性血浆蛋白-QTL和代谢物-QTL分析识别血统特异性的T2D效应蛋白和代谢物

2025年8月11日，Nature Communications发表了华盛顿大学医学院精神病学系、神经基因组学和信息学中心等机构的技术论文。
在这项研究中，研究团队生成并整合了超过2300名欧洲（EUR）和400名非洲（AFR）血统个体的血浆蛋白质组学和代谢组学与基因型数据集，以识别血统特异性的多组学数量性状位点（QTL）。总共，研究团队映射了954个AFR pQTLs、2848个EUR pQTLs、65个AFR mQTLs和490个EUR mQTLs。
研究团队进一步将这些QTL应用于按血统分层的2型糖尿病（T2D）风险，以确定与疾病相关遗传位点相关的关键蛋白和代谢物。使用结合特征插补和共定位结果的INTACT方法，研究团队提名了来自EUR集合的270个蛋白和72个代谢物；来自AFR集合的七个蛋白和一个代谢物作为按血统分层的T2D风险的分子效应因子。
本研究展示了不同血统的遗传和组学研究的整合可用于识别不同祖先群体中同一疾病的基础不同的效应分子特征。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40789849/

Fig. 1: Schematics of the study design on genetic architecture of the plasma proteome and metabolome in participants with African and European ancestry.

7.（Alzheimers Dement，IF：13.0）血浆蛋白质组学分析识别与阿尔茨海默病风险相关的蛋白和通路

2025年8月14日，Alzheimers Dement发表了印第安纳大学医学院与梅奥诊所等机构的review文章。
研究团队调查了血浆蛋白与基于血液的淀粉样蛋白/tau/神经退行性变/炎症（A/T/N/I）生物标志物在阿尔茨海默病（AD）中的关联。研究团队使用来自印第安纳AD研究中心（N = 498）的血浆蛋白质组学和临床数据，进行了血浆蛋白与血液A/T/N/I生物标志物以及诊断的关联分析，随后在一个独立队列（N = 323）中进行复制，网络分析、通路富集和机器学习分类以识别与AD风险相关的蛋白和通路。
结果，研究团队鉴定了35个与AD相关的蛋白，其中20个在独立队列中得到了复制。研究团队鉴定了分别与T/N/I生物标志物相关的150、448和219个蛋白，揭示了生物标志物特异性通路。网络分析鉴定了两个与T/N/I生物标志物相关的模块，在脑脊液（CSF）中得以保留，以及它们富集的通路。蛋白质分类模型有效区分了AD（曲线下面积[AUC] = 0.930）。
本研究结果表明AD中血浆蛋白和通路的失调，增强了我们对AD分子机制和诊断策略的理解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40810263/

Fig. 1: Workflow diagram of the study. A/T/N/I, amyloid/tau/neurodegeneration/inflammation; ADNI, Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative; CSF, cerebrospinal fluid; FCA3DS, Florida African American Alzheimer’s Disease Studies; IADRC, Indiana Alzheimer’s Disease Research Center

8.（Journal of Hazardous Materials，IF：12.2）碳环烯在斜生四孢藻中的细胞色素P450介导的生物转化：整合转录组学、蛋白质组学、分子对接和密度泛函理论计算的见解

2025年8月10日，Journal of Hazardous Materials发表了广西大学南海珊瑚礁研究国家重点实验室等机构的文章。
八碳环烯（OC）是一种防晒活性成分，由于其广泛的分布和毒性引起了相当大的关注。然而，对其在微藻中的去除效率、消除途径和相关机制知之甚少。在这里，研究团队研究了斜生四孢藻去除OC的效率、生物转化产物、途径以及细胞色素P450（CYP450）催化反应机制。研究团队发现斜生四孢藻在10天内去除了大约95%的OC，其中生物转化（82%-99%）是主要的去除途径。鉴定了十个转化产物（TPs），其中单羟基化TPs占总丰度的54.1%。转录组学和蛋白质组学结果均显示七种CYP450s的表达显著上调，其中六种是CYP26样蛋白。
此外，非特异性CYP450酶抑制剂1-氨基苯并三唑（ABT）显著抑制了OC的生物转化率，证明了CYP450在斜生四孢藻中OC生物转化中的参与。分子对接和DFT计算共同揭示了OC与CYP26样的特定结合构象有利于烷基链羟基化。本研究结果表明斜生四孢藻可以有效地降解OC，为开发绿色和可持续的新兴污染物如OC去除方法提供了新的见解。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40811917/

Graphical Abstract

声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。

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