文献目录
01 (NAT GENET) 使用纳米粒子富集平台进行全基因组关联研究的蛋白质组学分析
02 (NAT MICROBIOL) 弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点
03 (NAT CELL BIOL) 近端蛋白质组学揭示了人类核凝聚体的景观
04 (NAT COMMUN) 空间限制驱动瘤胃球菌属Ruminococcus bromii在人类结肠中抗性淀粉的降解
05 (NAT COMMUN) 锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化
06 (NAT COMMUN) 新冠肺炎后遗症相关认知障碍的独特脑部改变和神经退行性过程
07 (NAT COMMUN) 乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析揭示了癌细胞表型可塑性
08 (NAT COMMUN) 溶剂诱导部分细胞固定技术规模化解析活细胞中的药物靶点及其下游通路
一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！
1. (NAT GENET，IF：31.7) 使用纳米粒子富集平台进行全基因组关联研究的蛋白质组学分析
2025年11月27日，来自威尔康奈尔医学院卡塔尔分校生物信息学核心（科研设施）、哈佛医学院Brigham妇女医院网络医学部等机构的研究团队发表了一项关于使用纳米粒子富集平台进行蛋白质组学全基因组关联研究的重要分析。大多数蛋白质定量性状位点（pQTLs）的研究依赖于亲和蛋白质组学平台，这些平台仅提供有限的目标蛋白亚型信息，并可能受到其表位结合的遗传变异的影响。本文展示了基于质谱（MS）的蛋白质组学可以补充这些研究，并提供关于特定蛋白亚型和表位改变变异作用的见解。通过Seer Proteograph纳米粒子富集MS平台，研究团队在两个队列的血浆样本中进行了pQTLs的全基因组关联研究，评估了之前从亲和蛋白质组学平台报告的pQTLs。经过充分验证，该研究得出两个主要结论：首先，质谱分析证实了超过30%的已知pQTL是真实存在的，说明遗传变异确实能直接调控蛋白质水平。其次，同样有约30%的已知pQTL无法被质谱技术复现，这强烈提示这些关联可能是亲和检测法因“表位效应”产生的假阳性。当然，研究者也承认，对于后者仍需逐个排查其他可能性。
变异体（SNP位点）的基因组位置与编码pQTL蛋白质的基因位置（蛋白质位置）的网格图。其中，顺式pQTLs以红色标示，反式pQTLs以蓝色标示。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41310232/
2. (NAT MICROBIOL，IF：20.5) 弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点
2025年11月25日，来自马克斯·普朗克衰老生物学研究所、伦敦弗朗西斯·克里克研究所等机构的研究团队发表了一项关于弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点的突破性研究。膜接触位点（Membrane contact sites, MCS）对于真核细胞中细胞器之间的通讯至关重要。病原体也会与宿主细胞器建立MCS，但这些相互作用的机制及其在感染中的作用仍不清楚。本文通过荧光传感器和基于CRISPR的功能丧失筛选，结合成像和蛋白质组学，鉴定了寄生虫效应子介导宿主内质网（Endoplasmic reticulum, ER）与含有弓形虫Toxoplasma gondii的液泡之间的MCS。TgROP1作为连接分子，模拟典型的FFAT基序以结合宿主ER蛋白VAPA和VAPB。VAPA/B的缺失消除了宿主ER-弓形虫MCS并减少了病原体的生长。这些发现表明，靶向宿主MCS连接分子是病原体在感染过程中利用的一种策略，这可能为未来的治疗设计提供信息。
所有典型弓形虫株系均可与宿主内质网形成膜接触位点。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41291278/
3. (NAT CELL BIOL，IF：17.3) 近端蛋白质组学揭示了人类核凝聚体的景观
2025年11月28日，来自中山大学生命科学学院、深圳华大基因研究院等机构的研究团队发表了一项关于人类核凝聚体近端蛋白质组学景观的重要研究。核凝聚体（Nuclear condensates, NCs）是无膜细胞器，能够实现细胞核内的空间和功能区隔化。然而，NCs的组成和功能共组织尚未得到充分研究。本文使用PhastID探索了HeLa细胞中18个NCs的近端互作组。文章的数据揭示了这些NCs之间基因控制的组织流动。至关重要的是，他们开发了一种算法来剖析NCs内部关系的复杂性。该算法带来了多项关键发现：不仅鉴定出一个未被表征的BUD13核凝聚体，还揭示了核宝石（Cajal body）与剪接斑点（Nuclear speckle）在端粒酶RNA成熟过程中的特异性共组织，以及核宝石与组蛋白位点体（Histone locus body）在组蛋白mRNA前体加工中的特异性共组织。研究团队还创建了一个全局参考图谱，以理解应激下的NC动态以及疾病相关突变如何不同地影响NC互作组。总体而言，该工作提供了一个人类NCs的近端蛋白质组学图谱，显著提升了对核内生物学过程的时空理解。
使用PhastID技术对18种核凝聚体/亚核区室进行近端蛋白质组分析。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41315769/
4. (NAT COMMUN，IF：14.7) 空间限制驱动瘤胃球菌属Ruminococcus bromii在人类结肠中抗性淀粉的降解
2025年11月26日，来自苏黎世大学生物化学系、本古里安大学生命科学系等机构的研究团队发表了一项关于空间限制驱动瘤胃球菌在人类结肠中降解抗性淀粉的机制研究。复杂膳食纤维的降解对于结肠发酵、短链脂肪酸生产和微生物群功能至关重要。Ruminococcus bromii是人类中主要的抗性淀粉（Resistant starch, RS）降解菌，依赖于一种特殊的细胞结合酶复合物——淀粉体。为了揭示其结构、功能及其成分间的相互作用，该研究采用了整体多层次的研究策略：首先，通过冷冻电子断层扫描揭示了淀粉体具有一个延伸至RS底物的结构性细胞外层；其次，利用蛋白质组学分析了其内容物，发现淀粉体的蛋白质组成会因生长条件不同而发生重塑，特别是在响应RS时，Amy4和Amy16两种酶的含量可占到淀粉体总蛋白的60%；最终，结合结构与生化分析，阐明了这些酶在降解RS过程中具有互补与协同作用。
原位观察下的R. bromii淀粉体。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298524/
5. (NAT COMMUN，IF：14.7) 锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化
2025年11月26日，来自东南大学医学院重症医学江苏省重点实验室、蚌埠医学院药学院安徽省生物化学制药工程技术研究中心等机构的研究团队发表了一项关于锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化的病理机制研究。肺纤维化（Pulmonary fibrosis, PF）是一种以慢性免疫失调和细胞外基质（Extracellular matrix, ECM）过度重塑为特征的进行性肺病。中性粒细胞传统上与急性炎症有关，但越来越多地被认为在纤维化中起作用。研究团队在二氧化硅诱导的矽肺小鼠模型的肺部识别出了一种独特的经历反向跨内皮迁移（rTEM）的中性粒细胞亚群。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和ECM蛋白质组学，他们发现rTEM中性粒细胞通过ICAM1介导的与ECM的相互作用滞留在纤维化区域。从机制上看，巨噬细胞来源的组织蛋白酶C（CTSC）在细胞外基质（ECM）中积累，通过将ICAM1切割成可溶形式（sICAM1），进而激活成纤维细胞，驱动纤维化进程。体内实验表明，耗竭中性粒细胞或巨噬细胞可显著降低ICAM1与CTSC水平，并有效缓解纤维化，这直接证实了二者在该病理过程中的关键作用。此项研究首次在ECM、发生反向跨内皮迁移（rTEM）的中性粒细胞与纤维化之间建立了直接联系，并指明了CTSC和ICAM1可能是极具前景的治疗靶点。
原文链接:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298466/
6. (NAT COMMUN，IF：14.7) 新冠肺炎后遗症相关认知障碍的独特脑部改变和神经退行性过程
PASC亚组的研究设计与神经系统后遗症。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298414/
7. (NAT COMMUN，IF：14.7) 乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析揭示了癌细胞表型可塑性
2025年11月25日，来自特拉维夫大学医学院、魏茨曼科学研究所分子细胞生物学系等机构的研究团队发表了一项关于乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析研究。肿瘤异质性驱动药物耐药性和复发，影响免疫逃逸和肿瘤进展。尽管肿瘤内异质性在基因组层面已被广泛研究，但其在蛋白质组层面的功能表现及其与肿瘤微环境的相互作用仍未被充分揭示。为系统解析这一问题，本研究整合了来自280个肿瘤区域的多区域空间质谱蛋白质组学、外显子测序及组织成像数据，旨在刻画乳腺癌的空间蛋白质组异质性图谱。研究结果显示，随着肿瘤恶性程度的升高，蛋白质组异质性显著增强，这一趋势独立于基因组异质性，但与肿瘤微环境的组成差异密切相关。进一步结合免疫与基质成像分析，研究观察到一种动态的免疫—肿瘤互作模式：低级别肿瘤中免疫细胞浸润受限，而随着肿瘤进展至更高级别，巨噬细胞与T细胞浸润明显增加。然而，在这些免疫浸润区域中，犬尿氨酸和前列腺素等抗炎通路显著上调，提示肿瘤微环境内抗肿瘤免疫反应受到抑制。通过对全局蛋白质网络进行整合分析，本研究进一步筛选出若干参与乳腺癌免疫逃逸的潜在可靶向分子，为发展个体化乳腺癌治疗策略提供了新的理论基础与干预方向。
基于多区域质谱的蛋白质组学解析与肿瘤组织病理学相关的蛋白质组差异。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41290667/
8. (NAT COMMUN，IF：14.7) 利用溶剂诱导部分细胞固定技术规模化解析活细胞中的药物靶点及其下游通路
2025年11月25日，来自中国科学院大连化学物理研究所国家色谱研究分析中心、中国科学院大学等机构的研究团队发表了一篇文章，提出了一种名为“溶剂诱导部分细胞固定法”（Solvent-Induced Cellular Fixation Assay, SICFA）的新策略，能够在蛋白质组尺度上系统解析活细胞中的药物靶点及其下游调控通路。全面掌握药物靶点、结合效力及其引发的下游细胞通路，对于阐明药物作用机制、评估疗效及识别潜在副作用具有重要意义。然而，传统蛋白质组学技术在活细胞环境中获取此类动态信息仍面临挑战。本研究开发的SICFA方法，通过结合定量蛋白质组学技术，可在活细胞内对约5600种蛋白质的稳定性进行并行评估。该方法在检测药物作用引起的靶蛋白及下游效应蛋白稳定性变化方面表现出极高灵敏度。进一步利用时间分辨SICFA分析，研究团队成功追踪了5-氟尿嘧啶处理后人细胞内分子的动态演变过程，并首次观察到该药物在早期即可影响RNA转录后修饰与核糖体生物发生过程。与常规蛋白质组学方法相比，SICFA在捕捉早期药物响应事件方面展现出显著优势，为揭示药物-靶点互作及其引发的通路级联反应时序提供了关键的技术支撑与生物学见解。
在活细胞中对蛋白质进行部分固定，可实现蛋白质组范围内的细胞蛋白质稳定性评估。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41290627/
声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。
文献目录
01 (NAT GENET) 使用纳米粒子富集平台进行全基因组关联研究的蛋白质组学分析
02 (NAT MICROBIOL) 弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点
03 (NAT CELL BIOL) 近端蛋白质组学揭示了人类核凝聚体的景观
04 (NAT COMMUN) 空间限制驱动瘤胃球菌属Ruminococcus bromii在人类结肠中抗性淀粉的降解
05 (NAT COMMUN) 锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化
06 (NAT COMMUN) 新冠肺炎后遗症相关认知障碍的独特脑部改变和神经退行性过程
07 (NAT COMMUN) 乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析揭示了癌细胞表型可塑性
08 (NAT COMMUN) 溶剂诱导部分细胞固定技术规模化解析活细胞中的药物靶点及其下游通路
一起来看看本期的蛋白质组学精选优质文献吧！
1. (NAT GENET，IF：31.7) 使用纳米粒子富集平台进行全基因组关联研究的蛋白质组学分析
2025年11月27日，来自威尔康奈尔医学院卡塔尔分校生物信息学核心（科研设施）、哈佛医学院Brigham妇女医院网络医学部等机构的研究团队发表了一项关于使用纳米粒子富集平台进行蛋白质组学全基因组关联研究的重要分析。大多数蛋白质定量性状位点（pQTLs）的研究依赖于亲和蛋白质组学平台，这些平台仅提供有限的目标蛋白亚型信息，并可能受到其表位结合的遗传变异的影响。本文展示了基于质谱（MS）的蛋白质组学可以补充这些研究，并提供关于特定蛋白亚型和表位改变变异作用的见解。通过Seer Proteograph纳米粒子富集MS平台，研究团队在两个队列的血浆样本中进行了pQTLs的全基因组关联研究，评估了之前从亲和蛋白质组学平台报告的pQTLs。经过充分验证，该研究得出两个主要结论：首先，质谱分析证实了超过30%的已知pQTL是真实存在的，说明遗传变异确实能直接调控蛋白质水平。其次，同样有约30%的已知pQTL无法被质谱技术复现，这强烈提示这些关联可能是亲和检测法因“表位效应”产生的假阳性。当然，研究者也承认，对于后者仍需逐个排查其他可能性。
变异体（SNP位点）的基因组位置与编码pQTL蛋白质的基因位置（蛋白质位置）的网格图。其中，顺式pQTLs以红色标示，反式pQTLs以蓝色标示。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41310232/
2. (NAT MICROBIOL，IF：20.5) 弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点
2025年11月25日，来自马克斯·普朗克衰老生物学研究所、伦敦弗朗西斯·克里克研究所等机构的研究团队发表了一项关于弓形虫效应子TgROP1在感染期间与内质网建立膜接触位点的突破性研究。膜接触位点（Membrane contact sites, MCS）对于真核细胞中细胞器之间的通讯至关重要。病原体也会与宿主细胞器建立MCS，但这些相互作用的机制及其在感染中的作用仍不清楚。本文通过荧光传感器和基于CRISPR的功能丧失筛选，结合成像和蛋白质组学，鉴定了寄生虫效应子介导宿主内质网（Endoplasmic reticulum, ER）与含有弓形虫Toxoplasma gondii的液泡之间的MCS。TgROP1作为连接分子，模拟典型的FFAT基序以结合宿主ER蛋白VAPA和VAPB。VAPA/B的缺失消除了宿主ER-弓形虫MCS并减少了病原体的生长。这些发现表明，靶向宿主MCS连接分子是病原体在感染过程中利用的一种策略，这可能为未来的治疗设计提供信息。
所有典型弓形虫株系均可与宿主内质网形成膜接触位点。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41291278/
3. (NAT CELL BIOL，IF：17.3) 近端蛋白质组学揭示了人类核凝聚体的景观
2025年11月28日，来自中山大学生命科学学院、深圳华大基因研究院等机构的研究团队发表了一项关于人类核凝聚体近端蛋白质组学景观的重要研究。核凝聚体（Nuclear condensates, NCs）是无膜细胞器，能够实现细胞核内的空间和功能区隔化。然而，NCs的组成和功能共组织尚未得到充分研究。本文使用PhastID探索了HeLa细胞中18个NCs的近端互作组。文章的数据揭示了这些NCs之间基因控制的组织流动。至关重要的是，他们开发了一种算法来剖析NCs内部关系的复杂性。该算法带来了多项关键发现：不仅鉴定出一个未被表征的BUD13核凝聚体，还揭示了核宝石（Cajal body）与剪接斑点（Nuclear speckle）在端粒酶RNA成熟过程中的特异性共组织，以及核宝石与组蛋白位点体（Histone locus body）在组蛋白mRNA前体加工中的特异性共组织。研究团队还创建了一个全局参考图谱，以理解应激下的NC动态以及疾病相关突变如何不同地影响NC互作组。总体而言，该工作提供了一个人类NCs的近端蛋白质组学图谱，显著提升了对核内生物学过程的时空理解。
使用PhastID技术对18种核凝聚体/亚核区室进行近端蛋白质组分析。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41315769/
4. (NAT COMMUN，IF：14.7) 空间限制驱动瘤胃球菌属Ruminococcus bromii在人类结肠中抗性淀粉的降解
2025年11月26日，来自苏黎世大学生物化学系、本古里安大学生命科学系等机构的研究团队发表了一项关于空间限制驱动瘤胃球菌在人类结肠中降解抗性淀粉的机制研究。复杂膳食纤维的降解对于结肠发酵、短链脂肪酸生产和微生物群功能至关重要。Ruminococcus bromii是人类中主要的抗性淀粉（Resistant starch, RS）降解菌，依赖于一种特殊的细胞结合酶复合物——淀粉体。为了揭示其结构、功能及其成分间的相互作用，该研究采用了整体多层次的研究策略：首先，通过冷冻电子断层扫描揭示了淀粉体具有一个延伸至RS底物的结构性细胞外层；其次，利用蛋白质组学分析了其内容物，发现淀粉体的蛋白质组成会因生长条件不同而发生重塑，特别是在响应RS时，Amy4和Amy16两种酶的含量可占到淀粉体总蛋白的60%；最终，结合结构与生化分析，阐明了这些酶在降解RS过程中具有互补与协同作用。
原位观察下的R. bromii淀粉体。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298524/
5. (NAT COMMUN，IF：14.7) 锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化
2025年11月26日，来自东南大学医学院重症医学江苏省重点实验室、蚌埠医学院药学院安徽省生物化学制药工程技术研究中心等机构的研究团队发表了一项关于锚定在细胞外基质中的中性粒细胞驱动小鼠肺纤维化的病理机制研究。肺纤维化（Pulmonary fibrosis, PF）是一种以慢性免疫失调和细胞外基质（Extracellular matrix, ECM）过度重塑为特征的进行性肺病。中性粒细胞传统上与急性炎症有关，但越来越多地被认为在纤维化中起作用。研究团队在二氧化硅诱导的矽肺小鼠模型的肺部识别出了一种独特的经历反向跨内皮迁移（rTEM）的中性粒细胞亚群。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和ECM蛋白质组学，他们发现rTEM中性粒细胞通过ICAM1介导的与ECM的相互作用滞留在纤维化区域。从机制上看，巨噬细胞来源的组织蛋白酶C（CTSC）在细胞外基质（ECM）中积累，通过将ICAM1切割成可溶形式（sICAM1），进而激活成纤维细胞，驱动纤维化进程。体内实验表明，耗竭中性粒细胞或巨噬细胞可显著降低ICAM1与CTSC水平，并有效缓解纤维化，这直接证实了二者在该病理过程中的关键作用。此项研究首次在ECM、发生反向跨内皮迁移（rTEM）的中性粒细胞与纤维化之间建立了直接联系，并指明了CTSC和ICAM1可能是极具前景的治疗靶点。
原文链接:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298466/
6. (NAT COMMUN，IF：14.7) 新冠肺炎后遗症相关认知障碍的独特脑部改变和神经退行性过程
PASC亚组的研究设计与神经系统后遗症。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41298414/
7. (NAT COMMUN，IF：14.7) 乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析揭示了癌细胞表型可塑性
2025年11月25日，来自特拉维夫大学医学院、魏茨曼科学研究所分子细胞生物学系等机构的研究团队发表了一项关于乳腺癌异质性的综合空间蛋白质组学分析研究。肿瘤异质性驱动药物耐药性和复发，影响免疫逃逸和肿瘤进展。尽管肿瘤内异质性在基因组层面已被广泛研究，但其在蛋白质组层面的功能表现及其与肿瘤微环境的相互作用仍未被充分揭示。为系统解析这一问题，本研究整合了来自280个肿瘤区域的多区域空间质谱蛋白质组学、外显子测序及组织成像数据，旨在刻画乳腺癌的空间蛋白质组异质性图谱。研究结果显示，随着肿瘤恶性程度的升高，蛋白质组异质性显著增强，这一趋势独立于基因组异质性，但与肿瘤微环境的组成差异密切相关。进一步结合免疫与基质成像分析，研究观察到一种动态的免疫—肿瘤互作模式：低级别肿瘤中免疫细胞浸润受限，而随着肿瘤进展至更高级别，巨噬细胞与T细胞浸润明显增加。然而，在这些免疫浸润区域中，犬尿氨酸和前列腺素等抗炎通路显著上调，提示肿瘤微环境内抗肿瘤免疫反应受到抑制。通过对全局蛋白质网络进行整合分析，本研究进一步筛选出若干参与乳腺癌免疫逃逸的潜在可靶向分子，为发展个体化乳腺癌治疗策略提供了新的理论基础与干预方向。
基于多区域质谱的蛋白质组学解析与肿瘤组织病理学相关的蛋白质组差异。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41290667/
8. (NAT COMMUN，IF：14.7) 利用溶剂诱导部分细胞固定技术规模化解析活细胞中的药物靶点及其下游通路
2025年11月25日，来自中国科学院大连化学物理研究所国家色谱研究分析中心、中国科学院大学等机构的研究团队发表了一篇文章，提出了一种名为“溶剂诱导部分细胞固定法”（Solvent-Induced Cellular Fixation Assay, SICFA）的新策略，能够在蛋白质组尺度上系统解析活细胞中的药物靶点及其下游调控通路。全面掌握药物靶点、结合效力及其引发的下游细胞通路，对于阐明药物作用机制、评估疗效及识别潜在副作用具有重要意义。然而，传统蛋白质组学技术在活细胞环境中获取此类动态信息仍面临挑战。本研究开发的SICFA方法，通过结合定量蛋白质组学技术，可在活细胞内对约5600种蛋白质的稳定性进行并行评估。该方法在检测药物作用引起的靶蛋白及下游效应蛋白稳定性变化方面表现出极高灵敏度。进一步利用时间分辨SICFA分析，研究团队成功追踪了5-氟尿嘧啶处理后人细胞内分子的动态演变过程，并首次观察到该药物在早期即可影响RNA转录后修饰与核糖体生物发生过程。与常规蛋白质组学方法相比，SICFA在捕捉早期药物响应事件方面展现出显著优势，为揭示药物-靶点互作及其引发的通路级联反应时序提供了关键的技术支撑与生物学见解。
在活细胞中对蛋白质进行部分固定，可实现蛋白质组范围内的细胞蛋白质稳定性评估。
原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41290627/
声明：本文内容基于期刊公开信息整理，中文解读及科普文字由多个AI 助手生成，旨在帮助大众快速理解前沿研究，不构成任何专业建议或诊断依据。如需实验或临床应用，请以原始文献与专业人士意见为准。
