文献目录
1 (Cancer Cell) 大规模泛癌种蛋白质组图谱TPCPA
2 (Cell) 与DNA直接“接触”的人类蛋白质组
3 (Science) 牙釉质蛋白揭示罗百氏傍人性别与种群多样性
4 (Nat Neurosci) 神经元衰老导致应激失调与剪接蛋白异常
5 (Blood) 抑制纤溶酶原不会增加静脉血栓风险
6 (Circ Res) Review：多器官互作的心脏代谢研究
7 (Nat Comm) 系统生物学揭示AD新致病通路
8 (Alzheimers Dement) ABC-DS纵向多中心研究项目十年报告
9 (EMBO Mol Med) 蛋白分类器助力甲状腺滤泡肿瘤鉴别诊断
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1.（Cancer Cell，IF：48.8）大规模泛癌种蛋白质组图谱TPCPA
5月29日，阿姆斯特丹自由大学 Connie R. Jimenez 团队联合西湖大学医学院郭天南团队在 Cancer Cell 在线发表了最新研究，利用数据非依赖性采集质谱（DIA-MS）构建了一个大规模泛癌种蛋白质组图谱（Pan-Cancer Proteome Atlas, TPCPA），覆盖22种癌症类型的999例原发肿瘤样本，共定量9,670种蛋白质。
研究通过高通量DIA-MS技术建立了覆盖22种癌症的Pan-Cancer Proteome Atlas（TPCPA），系统分析了癌种间和同种癌症内的蛋白表达特征，识别出多个泛癌与特异性蛋白标志物、潜在靶点和亚型分类器，特别在结直肠癌的CMS亚型与免疫特征分析中展现出良好的临床应用前景，并通过在线平台对外开放了全部数据资源。
基于DIA-MS构建的泛癌蛋白质蛋白质组景观（The Pan-Cancer Proteome Atlas, TPCPA)
https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(25)00212-0
2. （Cell，IF：45.5）与DNA直接“接触”的人类蛋白质组
5月22日，德国慕尼黑工业大学（TUM）的Bernhard Kuster团队在Cell发表了一篇关于绘制人类细胞中与DNA直接接触蛋白质组图谱的研究论文，构建了高分辨率的DNA互作蛋白图谱并揭示其在基因调控中的动态变化。
研究开发了一种“零距离”光交联（photo-crosslinking）方法（XDNAX），结合4-硫代胸苷代谢标记和365 nm UV-LED照射，首次在活细胞中系统性地捕捉了与DNA直接接触的蛋白质组。
研究人员构建了来自人乳腺癌细胞的DNA互作图谱，鉴定出千余种具有DNA物理接触能力的蛋白，并精确定位了数百个核苷酸-肽交联位点（peptide-nucleotide crosslinks），分辨率达单个氨基酸。
通过不同处理条件下的定量比较，研究揭示了关键转录因子、DNA修复因子及染色质可达性调节蛋白的动态变化，提供了一种无假设前提的方式探索基因组调控，适用于多种细胞类型和物种。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00507-0
3.（Science，IF：44.7）牙釉质蛋白揭示罗百氏傍人性别与种群多样性
5月29日，哥本哈根大学Enrico Cappellini、Jesper V. Olsen团队，联合南非开普敦大学Rebecca R. Ackermann团队，在Science发表了最新考古学研究。
通过质谱分析技术，研究人员对南非Swartkrans遗址出土的四颗约200万年前的罗百氏傍人（Paranthropus robustus）牙齿样本中的牙釉质蛋白进行序列测定，首次实现了对该物种个体的性别判定（其中两例为男性，两例为女性）。
同时，研究还发现单氨基酸多态性（single amino acid polymorphism，SAP）以及牙齿釉质-牙本质交界处的形态差异，表明该种群内部可能存在遗传上的多样性或亚群体结构。这项工作展示了古蛋白组学在缺乏古DNA的背景下，研究早期人类性别分化和种群变异的独特价值。
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adt9539
