蛋白质谱进展简报 | 2023年第三周

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Markus Ralser:酵母全基因组遗传扰动的蛋白质组学图谱

图源:Markus Ralser实验室主页

Markus Ralser组对4567个非关键基因利用CRISPR技术建立单一基因敲除的酵母株库。再对这些酵母细胞结合半自动高通量前处理技术和微升流速的SWATH蛋白质组分析,单针质谱采集时间为30min,DIANN软件进行质谱数据搜库,一共鉴定1850个蛋白质。通过建立非必要基因敲除后的蛋白质组学谱图,将功能基因组学与蛋白质组学结合,揭示九百万个蛋白质与79%的编码基因组之间的关系。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.17.492318v1
评论:孙瑞

♦ 生物体内存在极低能耗的离子/分子超流体

图源:文章Abstract

From dynamic superwettability to ionic/molecular superfluidity 2022年发表在 Accounts of Chemical Research (Q1,IF:24)。

文章论证了,在生物体内可能存在一种超低阻率的物质传输或离子和分子的定向集体运动;这种定向的集体运动是产生离子/分子超流现象的原因。离子超流性的概念促进人们对生物系统中超低能耗的能量转换的理解与认识,并将通过纳米通道结构设计进一步启发低能耗人工能量转换系统的研发。同时,离子超流的过程也将为合理解释神经和大脑中的高效信息传递提供新的视角,离子通道的宏观量子态被认为是神经信息的载体、环境场(脑波、声波)可能对各种离子通道的宏观量子态起重要的调节作用。

比较有趣的是,文章中提出K+通道的相干状态来表示完全清晰的意识,而神经系统中K+通道的退相干状态来表示完全混乱的意识;同源离子通道释放的电磁波具有相同的频率,神经系统有其他离子通道(如Na+和Ca2+通道),它们释放的电磁波频率不同。环境场(脑电波)将把这些相位调节到相同的值,并可能导致离子通道的相干状态。在神经系统中,所有离子通道性成了相干或者退相干状态,可能分别对应清晰和混乱的意识状态。睡眠状态的脑电波将有可能有助于把离子通道的退相干状态转换为相干状态。

启发:各种不同的离子通道由一系列的跨膜蛋白质,由此推测在脑电波产生变化的同时,相关离子通道的蛋白质组也可能存在一些变化,可以作进一步研究。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.accounts.2c00053

评论:王佳童

♦ 透明细胞卵巢癌的生物和医学研究新思路

图源:www.vchri.ca

David G Huntsman在2022年发在Journal of Pathology杂志(IF=9.883)上的文章(10.1002/path.6006)里面把192个透明细胞癌(occc)和少量其他卵巢癌病理亚型在Thermo fusion上做tmt11,鉴定到了7648个蛋白。

这篇文章主要比较了occc和其他亚型的蛋白质组差别,然后把occc用consensus k-means clustering分成四个分子亚型(代谢,纤维化,凝血,坏死相关),但这四个亚型在overall survival上无明显差异,代谢分组比凝血组的progression free survival预后要好。他们后续挑了一个透明细胞亚型高表达的代谢相关蛋白guanine deminase (GDA)做IHC验证,发现和disease free survival相关。为透明细胞卵巢癌的生物和医学研究提供了思路。

评论:OCCC是比较难治的卵巢癌亚型,笔者通过将亚型差异分析,分子分型和IHC验证向我们揭示了OCCC的蛋白表达特征,分子异质性和在代谢通路上的生物及临床研究潜力。这篇文章里的proteomics+IHC的逻辑适合临床蛋白质组学的研究借鉴。

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/path.6006
评论:岳靓

Markus Ralser:酵母全基因组遗传扰动的蛋白质组学图谱

图源:Markus Ralser实验室主页

Markus Ralser组对4567个非关键基因利用CRISPR技术建立单一基因敲除的酵母株库。再对这些酵母细胞结合半自动高通量前处理技术和微升流速的SWATH蛋白质组分析,单针质谱采集时间为30min,DIANN软件进行质谱数据搜库,一共鉴定1850个蛋白质。通过建立非必要基因敲除后的蛋白质组学谱图,将功能基因组学与蛋白质组学结合,揭示九百万个蛋白质与79%的编码基因组之间的关系。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.17.492318v1
评论:孙瑞

♦ 生物体内存在极低能耗的离子/分子超流体

图源:文章Abstract

From dynamic superwettability to ionic/molecular superfluidity 2022年发表在 Accounts of Chemical Research (Q1,IF:24)。

文章论证了,在生物体内可能存在一种超低阻率的物质传输或离子和分子的定向集体运动;这种定向的集体运动是产生离子/分子超流现象的原因。离子超流性的概念促进人们对生物系统中超低能耗的能量转换的理解与认识,并将通过纳米通道结构设计进一步启发低能耗人工能量转换系统的研发。同时,离子超流的过程也将为合理解释神经和大脑中的高效信息传递提供新的视角,离子通道的宏观量子态被认为是神经信息的载体、环境场(脑波、声波)可能对各种离子通道的宏观量子态起重要的调节作用。

比较有趣的是,文章中提出K+通道的相干状态来表示完全清晰的意识,而神经系统中K+通道的退相干状态来表示完全混乱的意识;同源离子通道释放的电磁波具有相同的频率,神经系统有其他离子通道(如Na+和Ca2+通道),它们释放的电磁波频率不同。环境场(脑电波)将把这些相位调节到相同的值,并可能导致离子通道的相干状态。在神经系统中,所有离子通道性成了相干或者退相干状态,可能分别对应清晰和混乱的意识状态。睡眠状态的脑电波将有可能有助于把离子通道的退相干状态转换为相干状态。

启发:各种不同的离子通道由一系列的跨膜蛋白质,由此推测在脑电波产生变化的同时,相关离子通道的蛋白质组也可能存在一些变化,可以作进一步研究。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.accounts.2c00053

评论:王佳童

♦ 透明细胞卵巢癌的生物和医学研究新思路

图源:www.vchri.ca

David G Huntsman在2022年发在Journal of Pathology杂志(IF=9.883)上的文章(10.1002/path.6006)里面把192个透明细胞癌(occc)和少量其他卵巢癌病理亚型在Thermo fusion上做tmt11,鉴定到了7648个蛋白。

这篇文章主要比较了occc和其他亚型的蛋白质组差别,然后把occc用consensus k-means clustering分成四个分子亚型(代谢,纤维化,凝血,坏死相关),但这四个亚型在overall survival上无明显差异,代谢分组比凝血组的progression free survival预后要好。他们后续挑了一个透明细胞亚型高表达的代谢相关蛋白guanine deminase (GDA)做IHC验证,发现和disease free survival相关。为透明细胞卵巢癌的生物和医学研究提供了思路。

评论:OCCC是比较难治的卵巢癌亚型,笔者通过将亚型差异分析,分子分型和IHC验证向我们揭示了OCCC的蛋白表达特征,分子异质性和在代谢通路上的生物及临床研究潜力。这篇文章里的proteomics+IHC的逻辑适合临床蛋白质组学的研究借鉴。

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/path.6006
评论:岳靓
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