生信加油站|欧米蛋白质谱学堂B班实录(10.26-28)

2023.11.03

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上周六,西湖欧米第二期蛋白质谱学堂正式落下帷幕!

此次培训为小班教学,开设了蛋白质谱(A班)和生信分析(B班)两大类课程。

 

 

A班 蛋白质谱样品制备精讲

课程内容更多集中在蛋白组学相关的几种主要实验操作技能与技巧,分享欧米样本制备独门绝技。

 

B班 生物信息数据分析精讲

课程内容更多集中在蛋白组学生信分析的主要流程、方法和技巧,分享欧米数据分析 “十八般武艺”。

10月23日-25日为蛋白质谱样品制备精讲(A班)课程,内容包含蛋白质谱基本原理、磷酸化蛋白组学、蛋白组学基本原理、实验技术讲解、实践操作、质谱管理及维护经验分享等。

10月26日-28日为生物信息数据分析精讲(B班)课程,内容包含蛋白质谱基本原理、蛋白组定量算法解密、R语言基础及实践、Python语言基础及实践、欧米云分析平台、科研作图等。

两班学员来自于浙江省肿瘤医院、浙江省人民医院、宁波市第二医院、清华大学、东南大学、暨南大学、西湖大学、荷兰格罗宁根大学、中国科学院、军事科学院等机构和高校。

 

 

B班部分课程内容一览:

 

蛋白质组定量算法解密

主讲人:西湖欧米AI团队

课程内容:

质谱法定量蛋白质的基本原理;从质谱仪输出的数据,如何提取目标precursor谱图;解密了AI模型的训练流程,如何使用AI做蛋白质推断以及蛋白质定量。

 

R语言生信培训

主讲人:西湖欧米生信团队

课程内容:

R语言入门基础(R及Rstudio介绍、R包的安装与使用、常见R函数的实例学习、R基础运算、数据类型及数据结构等);
蛋白质组搜库数据的预处理流程介绍,采用R语言对蛋白质组数据进行清洗、筛选过滤、填充、标准化和统计学检验等。

 

Python语言基础及实践

主讲人:西湖欧米生信团队

课程内容:

python讲解:绘图、计算、机器学习及生信相关简介;

操作:1)基础:anaconda环境配置、jupyter使用、pip/conda操作;2)画图:matplotlib/seaborn可视化、d3blocks动态交互;3)计算:pandas表格读取与series/dataframe信息访问、相关性计算。

 

蛋白组学科研作图

主讲人:西湖欧米生信团队

课程内容:

作图基础知识(科研作图原则、R语言中的作图函数、常见点/线的类型、配色方案及R中常见的主题);蛋白质组学中常见图形介绍及实践,包括双坐标柱状图、技术重复散点图、小提琴图、火山图、热图、气泡图、网络图等图形;Adobe Illustrator软件绘制科研图,根据科研作图原则对图形进行组合。

 

欧米云分析平台

主讲人:西湖欧米生信团队

课程内容:

欧米云生信分析平台操作方法;蛋白质组生信分析常规流程:质控,差异分析,趋势分析,富集分析等;批次设计方法;机器学习方法:特征筛选算法介绍及实践,分类模型的使用等。

 

在课间交流环节,同学们针对蛋白组学生信数据分析与老师们进行了交流,我们选取了其中两个问答分享给大家:

 

♥ 欧米蛋白质谱学堂 Q&A

Q 蛋白质定量为什么要基于所有fragment的峰面积相加,有其他的定量方式吗?

A 目前蛋白质定量有许多种方式。所有fragment峰面积相加,其中的一种方式。还可以通过取每个precursor top3 fragment的峰面积、top3 fragment intensity等多种方式。最终可以通过技术重复样本中,蛋白质定量的cv值评价定量方式的优劣。


Q 目前AI模型主要是基于神经网络的,SVM是否也可以用于蛋白质鉴定领域?

A SVM(支持向量机)是一种常见的二分类模型,通过最大化分类间隔和核函数,实现非线性分类和函数回归。所以,SVM也可以用于蛋白质鉴定。不过,目前主流的AI模型包括最近热门的大模型(LLM)等,主要是基于神经网络结构。因为神经网络通过设计网络结构和各种激活函数,理论上可以逼近任何函数,比SVM有更强的拟合能力。


西湖欧米致力于AI赋能蛋白质组学,拥有世界领先的蛋白组学技术平台;跨学科、多领域,专业、高效的实验及研发团队;以及10000+样本实测经验(组织、血液及其他体液样本)。

此次欧米蛋白质谱学堂的授课讲师除了西湖欧米和西湖大学的专业团队外,我们还邀请到了来自中科院大连化物所、浙江大学、中国医学科学院等机构的业内顶尖专家。

部分讲师:

未来,西湖欧米将定期推出蛋白质谱专业培训班,请关注西湖欧米公众号/官网/微博,我们将根据大家的需求调整课程内容,并第一时间发出新的 “招生令”。

欢迎您以任何方式宣传我们的蛋白组学培训课程。

 

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