秋日加油站|欧米蛋白质谱学堂A班实录(10.23-25)

2023.11.03

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10月23日,西湖欧米第二期蛋白质谱学堂正式开课!

此次培训为小班教学,开设了蛋白质谱(A班)和生信分析(B班)两大类课程。

 

 

A班 蛋白质谱样品制备精讲

课程内容更多集中在蛋白组学相关的几种主要实验操作技能与技巧,分享欧米样本制备独门绝技。

 

B班 生物信息数据分析精讲

课程内容更多集中在蛋白组学生信分析的主要流程、方法和技巧,分享欧米数据分析 “十八般武艺”。

10月23日-25日为蛋白质谱样品制备精讲(A班)课程,内容包含蛋白质谱基本原理、磷酸化蛋白组学、蛋白组学基本原理、实验技术讲解、实践操作、质谱管理及维护经验分享等。

A班学员来自于浙江省肿瘤医院、浙江省人民医院、宁波市第二医院、清华大学、东南大学、西湖大学、荷兰格罗宁根大学、军事科学院等机构和高校。

部分课程内容一览:

 

♥  Overview of Clinical Proteomics

主讲人:西湖欧米创始人 郭天南博士

课程内容:Clinical proteomics、High throughput proteomic sample preparation using Pressure Cycling Technology (PCT)、Spatially Resolved Proteomics via Tissue Expansion:ProteomEx(Proteomics + Expansion), and more.

 

♥ 蛋白质组学基本原理

主讲人:浙江大学 “求是实验岗” 研究员 周默为

课程内容:质谱硬件原理(离子化:电喷雾ESI、基质辅组激光解吸电离MALDI;在线分离:液相色谱、电泳、离子淌度;质谱仪器:多种级别的质谱适用不同研究);蛋白质谱数据(多肽、蛋白的同位素分布提供关键信息;质谱分辨率决定数据分析的方式;数据处理以解卷积开始,二级质谱提供序列信息;已有免费软件和商业软件帮助解谱)

 

基于Ti-IMAC和SH2超亲体的磷酸化蛋白质组学研究

主讲人:中科院大连化物所 李亚楠博士

课程内容:磷酸化蛋白质组学、基于Ti-IMAC的磷酸化蛋白质组学分析策略、基于SH2超亲体的酪氨酸磷酸化蛋白质组学分析策略、Ti-IMAC及SH2 使用step by step。

 

谱管理及维护经验分享

主讲人:西湖大学助理研究员 丁璇

课程内容:质谱仪及工作原理:Orbitrap Exploris 480 质谱仪、日常维护:480 仪器清洗后校正、日常检查等。

 

 实践操作

主讲人:西湖欧米实验团队

课程内容:

实验技术讲解:PCT操作、In-solution digestion操作、In-gel digestion操作、TMT实验操作、HPLC分馏技巧等;

实践操作:PCT、In-solution digestion、TMT、In-gel digestion、HPLC分馏上机。

 

在课间交流环节,同学们针对蛋白组学研究与老师们进行了深入讨论,我们选取了其中两个问答分享给大家:

♦ 欧米蛋白质谱学堂 Q&A

­­Q FAIMS在做样时候有什么优势?

A FAIMS实际配置使用后,清洗前端的频率显著减少,因为其可以过滤很多初级的污染物质,极大减少质谱层级的污染。另外FAIMS可以采用不同电压进行分离,尤其对DDA和TMT方法来说,可以进一步增加多肽鉴定数,有效提高跑样效率和结果。


Q 实验室常用分析柱采用商品柱好,还是自填柱好?

A 采用商品柱还是自填柱,主要取决于两个方面:一是预算,二是实验需求。商品柱价格较高(一根高达1w+),对于预算不够的实验室或单位来说可能选用自填柱更加合适。另外,还要考虑自身需求:如果对稳定性需求不是太高,仅专注于临床蛋白组学普通队列样品,使用普通DDA或者DIA方法的话,自填柱就可以满足要求,而且柱效往往更好,鉴定深度更深。但是如果对稳定性要求非常高,则建议购置商品柱。

 

西湖欧米致力于AI赋能蛋白质组学,拥有世界领先的蛋白组学技术平台;跨学科、多领域,专业、高效的实验及研发团队;以及10000+样本实测经验(穿刺微量、血液样本)。

此次欧米蛋白质谱学堂的授课讲师除了西湖欧米和西湖大学的专业团队外,我们还邀请到了来自中科院大连化物所、浙江大学等机构的业内顶尖专家。

课堂采用领域内专家线下授课+深度交流形式,解析重难点专业知识,分享高水平项目案例,并向生信分析学员开放欧米云平台免费使用机会。

今年的欧米蛋白质谱学堂第一期培训班于8月底举办,课程内容包括微量样品制备技术、实践操作课程、蛋白质谱技术分享、生物信息学数据分析等。

未来,西湖欧米将定期推出蛋白质谱专业培训班,请关注西湖欧米公众号/官网/微博,我们将根据大家的需求调整课程内容,并第一时间发出新的 “招生令”。

欢迎您以任何方式宣传我们的蛋白组学培训课程。

 

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