蛋白组学全球市场报告、象牙和骨头、铝/臭氧暴露|Proteomics Weekly Snapshot 003

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行业动态

1 BCC Research:蛋白质组学技术及全球市场研究报告

2 第42届摩根大通医疗健康大会(JPM)

3 广州:分批次开展LDT体外诊断试剂试点

4 2024美国癌症发展报告

文献目录


5 多组学+脑电图:助力神经认知障碍个性化诊断

6 侵袭前至侵袭性肺腺癌的蛋白基因组学进化图谱

7 用 “微创蛋白质组学” 对象牙和骨头进行物种鉴定

8 微生物铝暴露下的蛋白质组学和形态学见解

9 多组学分析揭示急性臭氧暴露对小鼠肺组织的分子影响

10 深度空间蛋白质组学揭示新冠肺损伤的区域特异性特征

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1. BCC Research:蛋白质组学技术及全球市场研究报告

2024年1月,美国市场调研公司 BCC Research 发布了蛋白质组学研究报告《蛋白质组学:技术及全球市场》(Proteomics: Technologies and Global Markets)。报告指出,全球蛋白质组学市场预计将从2022年的271亿美元增至2027年的551亿美元,预测复合年增长率(CAGR)为 15.3%。

报告列出了149个数据表和97个附加表,内容涵盖全球蛋白质组学及相关技术市场的最新概述、全球市场趋势,有关主要市场动态、技术进步、蛋白质组学新产品和应用以及 COVID-19 对蛋白质组学市场影响的深入信息等,报告覆盖北美、欧洲、亚太地区及世界其他地区。

报告指出,推动蛋白质组学市场增长的关键因素包括基于基因组学的发现的增长、充满活力的行业交易、政府和私人资金的增加以及新颖平台的持续开发。到2027年底,预计质谱(MS)领域将主导市场,且北美地区在蛋白质组学市场中拥有最高的市场份额。

https://www.bccresearch.com/market-research/biotechnology/proteomics-technologies-and-global-markets.html

2. 第42届摩根大通医疗健康大会(JPM)

2024年1月8日-11日,第42届摩根大通医疗健康大会(J.P. Morgan Healthcare Conference,JPM)在加利福尼亚州旧金山举行。全球多家著名医药、器械公司、医疗保健服务提供商参与会议。据媒体报道,大会期间,跨国药企针对医药领域达成的并购交易总额达45亿美元。

会议第二天,Thermo Fisher Scientific 总裁兼首席执行官 Marc Casper 讨论了赛默飞即将以 31 亿美元收购蛋白质组学公司Olink的相关事宜,其于2023年10月宣布计划收购 Olink。

3. 广州:分批次开展LDT体外诊断试剂试点

2024年1月19日,广州市人民政府办公厅印发了《广州促进生物医药产业高质量发展若干政策措施》。文件中第十八条提出,要 “分批次开展实验室自建检测方法(LDT)体外诊断试剂试点”。具体内容如下:

“分批次开展实验室自建检测方法(LDT)体外诊断试剂试点。鼓励有条件的医疗机构联合LDT领域重点企业,对国内尚无同品种产品上市,且有重大临床需求、技术成熟、风险可控的体外诊断试剂,开展LDT试点,建立试点机构管理、试点品种管理、退出机制等监管体系,鼓励试点企业牵头制定行业标准规范,加速创新产品或技术的升级迭代。及时总结经验,稳步开展分批次试点,不断完善制度设计,形成可在全市范围复制推广的制度性创新成果。”

近年来,国家不断探索LDT行业监管并逐步推动LDT合规化。除广州外,上海、杭州等地也相继出台关于支持鼓励LDT行业发展的政策。

2022年10月15日,杭州市人民政府办公厅发布《关于加快生物医药产业高质量发展若干措施的通知》,通知提到,“积极支持实验室自建检测方法(LDT)试点,有条件允许LDT项目服务于临床推广。”

https://www.gz.gov.cn/gkmlpt/content/9/9450/post_9450944.html#12623

4. 2024美国癌症发展报告

2024 年1月17日,美国癌症协会(ACS)发布了《Cancer statistics, 2024》,这是该组织关于癌症事实和趋势的年度报告。

报告指出,近年来,癌症死亡率持续下降,自 1991 年以来美国的癌症死亡人数减少了超过 400 万人;但2024年,美国预计将出现200万例新癌症病例和 61万例癌症死亡。在所有癌症中,结直肠癌目前是男性癌症死亡的主要原因,也是 50 岁以下女性癌症死亡的第二大原因。

https://acsjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.3322/caac.21820

5.(Microbiome,IF: 15.5)多组学+脑电图:助力神经认知障碍个性化诊断

由于评估的主观性以及缺乏精确的诊断方法和特定指标,全球老龄人口神经认知障碍(NCDs)的普遍发生已经成为一个重大问题。

研究人员对正常衰老(NA)和NCDs老年人的配对队列进行了多模态脑电图(EEG)数据记录,并收集了他们的粪便样本和尿液外泌体,通过整合宏基因组学、蛋白质组学和代谢组学分析来识别NCDs中的多组学标志和代谢途径。

此外,通过粪便微生物群移植(FMT)在老化小鼠中进行了多组学标志的实验证实。研究人员发现,NCDs老年人的脑电功率谱密度较低,并鉴定了特定的微生物群,包括Ruminococcus gnavus,Enterocloster bolteae,Lachnoclostridium sp. YL 32,以及代谢物,包括L-色氨酸,L-谷氨酸,γ-氨基丁酸(GABA)和羟基脂肪酸的脂肪酸酯(FAHFA),以及芳香族氨基酸生物合成和TCA循环功能紊乱。最后,研究人员采用支持向量机(SVM)算法构建了一个机器学习模型,通过融合EEG数据和多组学分析来对NA和NCDs群体进行分类,该模型的准确率达92.69%。

该突显了多组学分析和EEG数据融合在NCDs个性化诊断中的潜力,有望提高诊断精度并深入了解NCDs的潜在机制。

使用label-free对尿液外泌体进行定量蛋白质组学分析

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-023-01717-5

6.(Cell Rep Med,IF: 14.3)侵袭前至侵袭性肺腺癌的蛋白基因组学进化图谱

肺腺癌(lung adenocarcinoma)遵循从侵袭前(pre-invasive)到侵袭(invasive)的发展阶段。

在该研究中,研究人员对98例侵袭前和99例侵袭性肺腺癌进行了全面的蛋白基因组分析(proteogenomic),包括全外显子测序、RNA 测序以及蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析。chr4q12的缺失通过下调SPATA18促进了从侵袭前到侵袭肺腺癌的发展,从而抑制了线粒体自噬并促进了细胞侵袭。蛋白质组学揭示了在正常肺组织以及侵袭前和侵袭性腺癌中的多样化富集途径。蛋白质组学分析确定了三种蛋白质亚型,代表了肿瘤进展的不同阶段。研究人员还阐述了四个免疫簇的分子特征,包括内皮细胞、B细胞、树突细胞(DCs)和免疫抑制亚型。

总之,这项全面的蛋白质基因组研究描绘了从侵袭前到侵袭性肺腺癌的分子结构和特征,为更深入地理解该疾病的发生和发展提供了指导。

https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101358

7.(Science Advances,IF: 13.6)用 “微创蛋白质组学” 对象牙和骨头进行物种鉴定

由于象牙类制品备受欢迎,目前大象、河马、抹香鲸等动物都面临灭绝的威胁。对象牙物种的鉴定不仅对于《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)的合规性至关重要,而且还可以提供有关作品创作背景的信息。

近年来,蛋白质组学越来越多地应用于博物馆及考古研究。研究人员开发了一种 “微创” 工作流程:用珍贵物品中最少量的材料,使用基于高分辨率质谱的蛋白质组学确定了大都会艺术博物馆收藏中的象牙和骨头物品的分类,这些藏品的历史最早可以追溯到公元前4000年。这项研究也是使用基于 LC-MS/MS 的蛋白质组学对博物馆藏品中各种象牙制品进行鉴定的第一个例子。

研究人员建立了一个基于美国自然历史博物馆标本的蛋白质组数据库,并针对含有不一致保存的有机物质的样本提出了替代数据分析工作流程。该流程展示了使用蛋白质组学来解开序列不确定性的广泛象牙物种鉴定(例如亮氨酸Leu和异亮氨酸Ile的区分)。

在18-19世纪的夏威夷骨雕吊坠样本中鉴定出抹香鲸肽标记

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adi9028

8.(J Hazard Mater,IF: 13.6)微生物铝暴露下的蛋白质组学和形态学见解

铝(Al)是工业和家庭最常用的材料之一。然而,研究证明这种金属对大多数生物都具有毒性。铝没有已知的生物学功能,到目前为止,关于其特定的生物途径了解甚少。此外,有关铝对微生物生命影响的信息也很有限。

该研究探索了铝对金属耐受性细菌 Cupriavidus metallidurans CH34 在不同生长模式(即浮游细胞、贴壁细胞和成熟生物膜)下的影响。研究结果表明,即使在微摩尔水平上,铝也会产生强烈的影响:尽管对铝具有显着的耐受性,但将 C. metallidurans 暴露于亚抑制剂量(0.78 mM)会导致早期氧化应激和水解活性增加。除悬浮细胞外膜表面的变化外,研究人员还观察到成熟生物膜的快速破坏。

在蛋白质水平上,铝暴露增加了参与代谢活性的蛋白质的表达,例如丙酮酸激酶、甲酸脱氢酶和聚(3-羟基丁酸)聚合酶,而参与趋化作用以及铁清除性铁载体的产生和运输的蛋白质则显着下调。

https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2023.133403

9.(Environ Int,IF: 11.8)多组学分析揭示急性臭氧暴露对小鼠肺组织的分子影响

臭氧(O₃)污染已成为全球重要的环境健康问题。与普通饮食(ND)的小鼠相比,高脂饮食(HFD)的小鼠体重和血清总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平显著增加。这些差异为研究肥胖、O₃暴露和肺健康之间的动态相互作用奠定了基础。

研究人员观察到急性O₃暴露后肺组织的分子轮廓发生了显著变化,他们采用多组学方法得出了关于急性O₃暴露对肥胖和正常小鼠肺组织影响的重要见解。

值得注意的是,O₃暴露在肥胖小鼠中的效应更为显著。在正常小鼠中,O₃暴露诱发肺部炎症;而在肥胖小鼠中,O₃暴露与高脂饮食的结合导致了肺部炎症和氧化应激的增强。O₃暴露后,几种重要的蛋白质作为信号分子诱导肥胖小鼠肺部的免疫反应,以及类固醇激素(主要是雄激素)的变化。在正常小鼠中,O₃暴露导致与PPAR途径相关的蛋白质的改变以及雌三醇水平的显著变化。

此外,该研究还揭示了高脂饮食对肺部脂质组的显著干扰,急性O₃暴露往往会加剧肥胖小鼠甘油磷脂代谢的紊乱。这些发现增进了我们对O₃影响的分子机制的理解,并强调了解决肥胖和O₃污染等环境因素以降低健康风险的重要性。

https://doi.org/10.1016/j.envint.2024.108436

10.(Cell Reports,IF: 8.8)深度空间蛋白质组学揭示新冠肺损伤的区域特异性特征

在新冠感染后,人体肺部表现出异质的组织病理学变化。研究人员通过整合组织学检查、激光显微切割(LMD)和超灵敏蛋白质组学技术,生成了一个标志性病理性肺结构的区域解析蛋白质组图谱。

研究人员对 71 个尸检样本中的 10,000 多种蛋白质进行了定量。与非新冠感染的对照组相比,他们确定了肺泡上皮、支气管上皮和血管中的一系列通路失调,为过渡状态的肺泡上皮增生提供了证据。

此外,研究数据揭示了支气管粘液栓、肺纤维化、空气间隙炎症(airspace inflammation)和2型肺泡细胞中功能标记物的区域特异性富集,揭示了它们的独特特征。此外,研究人员检测到与病毒进入和炎症反应相关的蛋白质在多个区域中的表达增加,这表明了潜在的治疗靶点。总体而言,这项研究通过空间蛋白质组学为解读新冠感染引起的肺功能障碍提供了独特的视角。

https://doi.org/10.1016/j.celrep.2024.113689

 

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